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- PDB-1hqp: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRUNCATED FORM OF PORCINE ODORANT-BINDING ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hqp
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A TRUNCATED FORM OF PORCINE ODORANT-BINDING PROTEIN
要素ODORANT-BINDING PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / lipocalin / dimer / ligand-binding site / access to the binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / small molecule binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, OBP-like / Lipocalin / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ISOBUTYL-3-METHOXYPYRAZINE / Odorant-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Perduca, M. / Mancia, F. / Del Giorgio, R. / Monaco, H.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of a truncated form of porcine odorant-binding protein.
著者: Perduca, M. / Mancia, F. / Del Giorgio, R. / Monaco, H.L.
履歴
登録2000年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ODORANT-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8882
ポリマ－17,7211
非ポリマー1661
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.180, 44.140, 41.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymmetric unit is a monomer. The dimer is generated by the crystallographic two-fold axis

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要素

#1: タンパク質 ODORANT-BINDING PROTEIN


分子量: 17721.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: NASAL MUCOSA / 参照: UniProt: P81245
#2: 化合物 ChemComp-PRZ / 2-ISOBUTYL-3-METHOXYPYRAZINE / 2-イソブチル-3-メトキシピラジン


分子量: 166.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5
詳細: Ammonium sulfate, Tris, ethylene glycol, pH 7.5, MICRODIALYSIS, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 44 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein11
20.05 MTris12
33 %ethylene glycol12
42.9 Mammonium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年2月15日 / 詳細: graphite monochromator
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→10 Å / Num. all: 14835 / Num. obs: 5662 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.16 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.3→2.5 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Num. unique all: 1005 / % possible all: 64
反射
*PLUS
% possible obs: 80 % / Num. measured all: 14835 / Rmerge(I) obs: 0.0466
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64 % / Num. unique obs: 1005 / Rmerge(I) obs: 0.1072

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
TNT精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A3Y

1a3y


解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.204 ---
obs0.204 5620 80.4 %-
Rfree-0 -R-free was not calculated
all-6990 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1179 0 12 0 1191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.338
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg16.338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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