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- PDB-1hqd: PSEUDOMONAS CEPACIA LIPASE COMPLEXED WITH TRANSITION STATE ANALOG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hqd
タイトルPSEUDOMONAS CEPACIA LIPASE COMPLEXED WITH TRANSITION STATE ANALOGUE OF 1-PHENOXY-2-ACETOXY BUTANE
要素LIPASE
キーワードHYDROLASE / Pseudomonas cepacia lipase / racemic sec alcohols / transition state (TS) analogue / molecular modelling
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipases, serine active site. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-INK / Triacylglycerol lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cepacia (バクテリア)
手法X線回折 / 同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Luic, M. / Tomic, S. / Lescic, I. / Ljubovic, E. / Sepac, D. / Sunjic, V. / Vitale, L. / Saenger, W. / Kojic-Prodic, B.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001
タイトル: Complex of Burkholderia cepacia lipase with transition state analogue of 1-phenoxy-2-acetoxybutane: biocatalytic, structural and modelling study.
著者: Luic, M. / Tomic, S. / Lescic, I. / Ljubovic, E. / Sepac, D. / Sunjic, V. / Vitale, L. / Saenger, W. / Kojic-Prodic, B.
履歴
登録2000年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4543
ポリマ－33,1511
非ポリマー3032
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.060, 46.630, 84.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 LIPASE / TRIACYLGLYCEROL LIPASE


分子量: 33150.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The enzyme source was a commercial preparation of Pseudomonas cepacia lipase (LPS AW 02513) obtained from Amano Pharmaceuticals, Co., Nagoya, Japan.
由来: (天然) Burkholderia cepacia (バクテリア) / 参照: UniProt: P22088, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-INK / (RP,SP)-O-(2R)-(1-PHENOXYBUT-2-YL)-METHYLPHOSPHONIC ACID CHLORIDE


分子量: 262.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16ClO3P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2745.71
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2781蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.412-45 % (v/v) MPD, 100 mM sodium citrate, 100 mM Hepes , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
2782蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.615-36 % (v/v) n-propanol, 0.1 M Tris/HCl, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115-36 %(v/v)n-propanol1reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoir
312-45 %(v/v)MPD1reservoir
4100 mMsodium citrate1reservoir
5100 mMHEPES1reservoir
612 mg/mlprotein1drop
76.3 mMsodium phosphate1drop
85 mMpiperazine1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 13473 / Num. obs: 12973 / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rsym value: 0.056
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Rsym value: 0.056 / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % possible obs: 96.7 % / Num. measured all: 44574 / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: PDB entry code 3LIP

3lip


解像度: 2.3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 34545891.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Eng & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1320 10.3 %RANDOM
Rwork0.154 ---
obs0.154 12797 96.7 %-
all-12973 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 93.32 Å2 / ksol: 0.491 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20.22 Å2
2--2.78 Å20 Å2
3----2.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2338 0 16 288 2642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.522.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 231 11.3 %
Rwork0.172 1818 -
obs--94.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PROST.PARAMPROTEIN.LINK
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMPROST.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIS_PEPTIDE.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10.3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.23 / % reflection Rfree: 11.3 % / Rfactor Rwork: 0.172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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