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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hq5 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME ARGINASE COMPLEXED WITH S-(2-BORONOETHYL)-L-CYSTEINE, AN L-ARGININE ANALOGUE | ||||||
要素 | ARGINASE 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER / BORONIC ACID INHIBITOR / PERFECTLY TWINNED CRYSTAL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / arginine metabolic process / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / response to methylmercury / arginase ...regulation of L-arginine import across plasma membrane / Urea cycle / collagen biosynthetic process / mammary gland involution / arginine metabolic process / positive regulation of neutrophil mediated killing of fungus / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to selenium ion / response to methylmercury / arginase / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / urea cycle / response to manganese ion / response to vitamin A / response to steroid hormone / Neutrophil degranulation / response to herbicide / response to zinc ion / cellular response to glucagon stimulus / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / response to amine / negative regulation of activated T cell proliferation / response to vitamin E / response to axon injury / response to amino acid / maternal process involved in female pregnancy / cellular response to interleukin-4 / response to cadmium ion / negative regulation of T cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / liver development / female pregnancy / lung development / response to peptide hormone / cellular response to hydrogen peroxide / manganese ion binding / cellular response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / adaptive immune response / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / neuronal cell body / extracellular space / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, N.N. / Cox, J.D. / Baggio, R.F. / Emig, F.A. / Mistry, S.K. / Harper, S.L. / Speicher, D.W. / Morris Jr., S.M. / Ash, D.E. / Traish, A. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Probing erectile function: S-(2-boronoethyl)-L-cysteine binds to arginase as a transition state analogue and enhances smooth muscle relaxation in human penile corpus cavernosum. 著者: Kim, N.N. / Cox, J.D. / Baggio, R.F. / Emig, F.A. / Mistry, S.K. / Harper, S.L. / Speicher, D.W. / Morris Jr., S.M. / Ash, D.E. / Traish, A. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hq5.cif.gz | 127.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hq5.ent.gz | 99.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hq5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hq5_validation.pdf.gz | 391.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hq5_full_validation.pdf.gz | 402.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hq5_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hq5_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hq5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | the biological assembly is a trimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35019.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07824, arginase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 1500, BICINE, manganese chloride, 2-(boronoethyl)-L-cysteine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃詳細: drop consists of equal amounts of protein and precipitant solutions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月13日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 41944 / Num. obs: 41944 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / % possible all: 97.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 14462 / % possible obs: 98.1 % / Num. measured all: 41944 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 14033 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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