PDB-1hq0: CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF E.COLI CYTOTOXIC NEC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hq0

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF E.COLI CYTOTOXIC NECROTIZING FACTOR TYPE 1

要素

CYTOTOXIC NECROTIZING FACTOR 1

キーワード

TOXIN / BETA SANDWICH / RHO DEAMIDASE / RHO TRANSGLUTAMINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Cytotoxic necrotizing factor 1 (CNF1) / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain / Domain of unknown function DUF4765 / Cytotoxic necrotizing factor, Rho-activating domain superfamily / Rho-activating domain of cytotoxic necrotizing factor / Domain of unknown function (DUF4765) / Domain of unknown function DUF6543 / Dermonecrotic toxin, N-terminal domain / Cytotoxic necrotizing factor-like, catalytic ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Buetow, L. / Flatau, G. / Chiu, K. / Boquet, P. / Ghosh, P.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the Rho-activating domain of Escherichia coli cytotoxic necrotizing factor 1.
著者: Buetow, L. / Flatau, G. / Chiu, K. / Boquet, P. / Ghosh, P.

履歴

登録	2000年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hq0.cif.gz	74.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hq0.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/1hq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hzgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hzg-d 4cd7-2 3ep6-d 5u0g-d 3u3k-2 4cd8-d 1i91-d 6say-d 1l9x-2 4awn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYTOTOXIC NECROTIZING FACTOR 1

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.000, 55.000, 176.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	CYTOTOXIC NECROTIZING FACTOR 1 / CNF1 分子量: 32658.438 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 変異: L794P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CNF1 / プラスミド: PET 28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47106
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.358 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %

結晶化

温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium phosphate, potassium phosphate, 1,4-butanediol, HEPES, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K

結晶化

*PLUS

温度: 37 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	0.65 M	sodium phosphate	1	reservoir
2	0.65 M	potassium phosphate	1	reservoir
3	100 mM	HEPES	1	reservoir
4	5 %(v/v)	1,4-butanediol	1	reservoir
5	2 mM	dithiothreitol	1	reservoir
6	150 mM		1	drop	NaCl
7	20 mM	Tris	1	drop
8	2 mM	dithiothreitol	1	drop
9	15 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU	1	1.5418
シンクロトロン	SSRL	BL1-5		2	0.97943, 0.980035, 0.925256, 1.06883

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MAR scanner 345 mm plate	1	IMAGE PLATE	2000年3月28日	focusing mirrors
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2000年4月5日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Osmic Mirror	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.97943	1
3	0.980035	1
4	0.925256	1
5	1.06883	1

反射

解像度: 1.76→20 Å / Num. all: 29261 / Num. obs: 26431 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.7 Å² / Limit h max: 26 / Limit h min: 0 / Limit k max: 26 / Limit k min: 0 / Limit l max: 99 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1515682.95 / Observed criterion F min: 7.5 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 36.7

反射シェル

解像度: 1.76→1.81 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.757 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.83→20 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	1306	4.9 %	Random 5% of data
R_work	0.191	-	-	-
all	0.193	26457	-	-
obs	0.193	26447	100 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / B_sol: 52.0432 Å² / k_sol: 0.336574 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.96 Å² / B_iso mean: 28.05 Å² / B_iso min: 11.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.93 Å²	1.98 Å²	0 Å²
2-	-	2.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.85 Å²

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	Treatment
polymer	X-RAY DIFFRACTION	isotropic
water	X-RAY DIFFRACTION	isotropic
nonpolymer	X-RAY DIFFRACTION	isotropic

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.22 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.18 Å	0.14 Å
Luzzati d res high	-	1.83

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2262	0	15	204	2481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_deg	25.9
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	0.69
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	2.48	3
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	3.48	4
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	3.74	4
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	4.78	5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.83-1.91	0.262	145	4.4	0.247	3117	0.022	3272	3260	99.8
1.91-2.01	0.211	140	4.2	0.212	3156	0.018	3303	3296	99.8
2.01-2.14	0.207	169	5.1	0.206	3150	0.016	3327	3319	99.8
2.14-2.3	0.206	178	5.4	0.204	3142	0.015	3325	3320	99.8
2.3-2.54	0.195	148	4.5	0.194	3133	0.016	3284	3281	99.9
2.54-2.9	0.19	173	5.2	0.189	3157	0.014	3331	3330	100
2.9-3.65	0.188	193	5.8	0.185	3124	0.014	3318	3317	100
3.65-19.99	0.177	160	4.8	0.178	3164	0.014	3324	3324	100

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 0 / % reflection R_free: 4.9 % / R_factor obs: 0.191

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it		3
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it		4
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it		4
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it		5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.262 / % reflection R_free: 4.4 % / R_factor R_work: 0.247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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