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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hpl | ||||||
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タイトル | HORSE PANCREATIC LIPASE. THE CRYSTAL STRUCTURE AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | LIPASE | ||||||
![]() | HYDROLASE(CARBOXYLIC ESTERASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bourne, Y. / Cambillau, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Horse pancreatic lipase. The crystal structure refined at 2.3 A resolution. 著者: Bourne, Y. / Martinez, C. / Kerfelec, B. / Lombardo, D. / Chapus, C. / Cambillau, C. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Study of Horse Pancreatic Lipase 著者: Lombardo, D. / Chapus, C. / Bourne, Y. / Cambillau, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 404.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 16 / 2: CIS PROLINE - PRO A 211 / 3: CIS PROLINE - PRO A 298 4: SER A 333 - ASN A 334 OMEGA =326.11 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: CIS PROLINE - PRO B 16 / 6: CIS PROLINE - PRO B 211 / 7: CIS PROLINE - PRO B 298 8: SER B 333 - ASN B 334 OMEGA =298.62 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9999, -0.0011, 0.0029), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49759.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 205.259-261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 45644 / % possible obs: 86.3 % / Num. measured all: 145844 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 48 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rwork: 0.159 / Rfactor obs: 0.159 / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.159 / Rfactor Rwork: 0.159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.1 |