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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hoq | ||||||||||||||||||
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タイトル | CHIMERIC RNA/DNA HAIRPIN | ||||||||||||||||||
![]() | DNA/RNA (5'-R(*![]() DNA / RNA / Hairpin | 機能・相同性 | DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Denisov, A.Y. / Gehring, K. | ![]() ![]() タイトル: Solution structure of an arabinonucleic acid (ANA)/RNA duplex in a chimeric hairpin: comparison with 2'-fluoro-ANA/RNA and DNA/RNA hybrids. 著者: Denisov, A.Y. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Trempe, J.F. / Pon, R.T. / Gehring, K. / Damha, M.J. #1: ![]() タイトル: Properties of Arabinonucleic Acids (ANA & 2'F-ANA): Implications for the Design of Antisense Therapeutics that Invoke RNase H Cleavage of RNA 著者: Damha, M.J. / Noronha, A.M. / Wilds, C.J. / Trempe, J.F. / Denisov, A.Y. / Pon, R.T. / Gehring, K. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 305 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 351.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 3718.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase synthesis, phosphoramidite chemistry |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homo- and heteronuclear techniques: 2D-NOESY, DQF-COSY, TOCSY, H,C-HMQC, H,P-HetCOSY |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K | |||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures were refined by NMR-restrained molecular dynamics (14 ps, 300-1000 K) with final energy minimization | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: the hairpin stem structure closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |