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- PDB-1ho4: CRYSTAL STRUCTURE OF PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE IN COMPLEX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ho4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE AND INORGANIC PHOSPHATE
要素PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TIM Barrel / Open-Closed Transition / Enzyme-Product Complex / Water Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxine 5'-phosphate synthase / pyridoxine 5'-phosphate synthase activity / pyridoxine biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal phosphate (active vitamin B6) biosynthesis PdxJ / Pyridoxine 5'-phosphate synthase / Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE / Pyridoxine 5'-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Garrido-Franco, M. / Laber, B. / Huber, R. / Clausen, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structural basis for the function of pyridoxine 5'-phosphate synthase.
著者: Franco, M.G. / Laber, B. / Huber, R. / Clausen, T.
履歴
登録2000年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
B: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
C: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
D: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,44211
ポリマ－105,1614
非ポリマー1,2827
水13,241735
1
A: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
B: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
C: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
D: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
B: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
C: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
D: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,88422
ポリマ－210,3218
非ポリマー2,56314
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
2
A: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2696
ポリマ－52,5802
非ポリマー6884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
3
B: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

C: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2696
ポリマ－52,5802
非ポリマー6884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
4
D: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子

D: PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0794
ポリマ－52,5802
非ポリマー4982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.800, 156.300, 127.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is an octamer generated from the tetramer in the asymmetric unit by the operations: x,-y,-z

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要素

#1: タンパク質
PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE / PYRIDOXAL PHOSPHATE BIOSYNTHETIC PROTEIN PDXJ


分子量: 26290.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PDXJ / プラスミド: PASK-IBA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P0A794
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-PXP / PYRIDOXINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキシン5′-りん酸


分子量: 249.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG6000, 2M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 54860 / Num. obs: 110743 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 38.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 13071 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 95.7
反射
*PLUS
Num. obs: 54860 / Num. measured all: 110743
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HOI

1hoi


解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.245 2736 random
Rwork0.187 --
all0.195 54828 -
obs0.195 52092 -
原子変位パラメータBiso mean: 56.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7334 0 79 735 8148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.33
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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