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- PDB-1hmc: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF DIMERIC HUMAN RECOMBINANT MACROPHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hmc
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF DIMERIC HUMAN RECOMBINANT MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR
要素HUMAN MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR
キーワードMACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / monocyte homeostasis / macrophage homeostasis / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte activation / positive regulation of macrophage migration / osteoclast proliferation / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth ...regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / monocyte homeostasis / macrophage homeostasis / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte activation / positive regulation of macrophage migration / osteoclast proliferation / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / developmental process involved in reproduction / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of microglial cell migration / mammary duct terminal end bud growth / microglial cell proliferation / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / myeloid leukocyte migration / neutrophil homeostasis / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of Ras protein signal transduction / Other interleukin signaling / positive regulation of cell-matrix adhesion / Interleukin-10 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / monocyte differentiation / positive regulation of protein metabolic process / macrophage differentiation / regulation of ossification / homeostasis of number of cells within a tissue / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / osteoclast differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / response to ischemia / cytokine activity / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Ras protein signal transduction / nuclear body / positive regulation of cell migration / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage colony-stimulating factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bohm, A. / Pandit, J. / Jancarik, J. / Halenbeck, R. / Koths, K. / Kim, S.-H.
引用ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Three-dimensional structure of dimeric human recombinant macrophage colony-stimulating factor.
著者: Pandit, J. / Bohm, A. / Jancarik, J. / Halenbeck, R. / Koths, K. / Kim, S.H.
履歴
登録1993年12月22日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR
B: HUMAN MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5852
ポリマ－34,5852
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.370, 64.750, 157.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.925055, -0.377203, -0.043564), (-0.378219, 0.905231, 0.193665), (-0.033617, 0.195637, -0.9801)
ベクター: 140.3392, -8.14815, 355.75006)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN A WHEN APPLIED TO CHAIN B.

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要素

#1: タンパク質 HUMAN MACROPHAGE COLONY STIMULATING FACTOR / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17292.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09603
配列の詳細SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: : ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: :CSF1_HUMAN SWISS-PROT RESIDUE PDB ATOM RECORDS NAME NUMBER NAME CHAIN SEQ/INSERT CODE ASP 183 GLY A 150 VAL 184 HIS A 151

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 M1reservoirMgCl2
2100 mMTris-HCl1reservoir
323 %PEG40001reservoir
410 mg/mlprotein1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. obs: 18842 / Num. measured all: 65871 / Rmerge(I) obs: 0.0701

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rwork: 0.197 / Rfactor obs: 0.197 / σ(F): 2
詳細: THE SEQUENCE THAT WAS CRYSTALLIZED RAN FROM RESIDUE 4 THROUGH RESIDUE 158. NEITHER OF THE TWO TERMINI COULD BE LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. THE TWO CRYSTALLOGRAPHICALLY UNIQUE ...詳細: THE SEQUENCE THAT WAS CRYSTALLIZED RAN FROM RESIDUE 4 THROUGH RESIDUE 158. NEITHER OF THE TWO TERMINI COULD BE LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS. THE TWO CRYSTALLOGRAPHICALLY UNIQUE MONOMERS HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *A* AND *B*.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数291 0 0 0 291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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