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- PDB-1hlz: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR REV-ERB(ALPHA) D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hlz
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR REV-ERB(ALPHA) DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO ITS COGNATE RESPONSE ELEMENT
要素
  • 5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*G)-3'
  • ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ORPHAN RECEPTOR / NUCLEAR RECEPTOR / DNA-BINDING / REVERB / REV-ERB / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of circadian sleep/wake cycle / positive regulation of bile acid biosynthetic process / : / circadian temperature homeostasis / negative regulation of astrocyte activation / regulation of type B pancreatic cell proliferation / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of neuroinflammatory response / response to leptin ...regulation of circadian sleep/wake cycle / positive regulation of bile acid biosynthetic process / : / circadian temperature homeostasis / negative regulation of astrocyte activation / regulation of type B pancreatic cell proliferation / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of neuroinflammatory response / response to leptin / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / glycogen biosynthetic process / regulation of fat cell differentiation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / nuclear steroid receptor activity / regulation of lipid metabolic process / cellular response to interleukin-1 / proteasomal protein catabolic process / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cholesterol homeostasis / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / protein destabilization / Nuclear Receptor transcription pathway / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / dendritic spine / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / heme binding / dendrite / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 1 group D member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sierk, M.L. / Zhao, Q. / Rastinejad, F.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: DNA Deformability as a Recognition Feature in the RevErb Response Element
著者: Sierk, M.L. / Zhao, Q. / Rastinejad, F.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1998
タイトル: Structural Elements of an Orphan Nuclear Receptor-DNA Complex
著者: Zhao, Q. / Khorasanizadeh, S. / Miyoshi, Y. / Lazar, M. / Rastinejad, F.
履歴
登録2000年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*G)-3'
A: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
B: ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3348
ポリマ－34,0724
非ポリマー2624
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.867, 39.603, 58.565
Angle α, β, γ (deg.)84.13, 72.09, 70.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3'


分子量: 6142.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized optimal DR2 target
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*G)-3'


分子量: 6124.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized optimal DR2 target complementary strand
#3: タンパク質 ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NR1D1 / REV-ERB(ALPHA)


分子量: 10902.009 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA-BINDING DOMAIN PLUS C-TERMINAL EXTENSION / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20393
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG8000, 5 mM MgCl2, 400 mM NaCl, Tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG800011
2MgCl211
3NaCl11
4Tris11
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 詳細: Zhao, Q., (1998) Mol. Cell, 1, 849.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.6 mMDNA1drop
21.2 mMprotein1drop
320-25 %PEG80001reservoir
45 mM1reservoirMgCl2
5400 mM1reservoirNaCl
6Tris1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.92016 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月5日
詳細: Double crystal monochromator with sagittally focussed second crystal. Two spherical mirrors.
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator with sagittally focussed second crystal
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92016 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→18.62 Å / Num. all: 7671 / Num. obs: 7671 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 58.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 7691 / % possible all: 92.7
反射
*PLUS
Num. obs: 6854 / % possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.3 % / Num. unique obs: 732 / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 3.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1A6Y, residues 132-198 from chain A & B, plus DNA

1a6y


解像度: 2.8→18.6 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Conjugate-gradient minimization against a maximum-likelihood structure factor target. NCS restraints between upstream and downstream monomers and DNA half-sites used throughout refinement. ...詳細: Conjugate-gradient minimization against a maximum-likelihood structure factor target. NCS restraints between upstream and downstream monomers and DNA half-sites used throughout refinement. Harmonic restraints used throughout refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3103 732 -Random
Rwork0.2599 ---
all0.2599 6854 --
obs0.2599 6854 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--39.691 Å2-1.626 Å2-2.807 Å2
2--10.855 Å2-10.126 Å2
3---28.836 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.52 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.1 Å1.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→18.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 814 4 9 1987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0165
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.8266
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.271
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.8505
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5721 83 -
Rwork0.5517 --
obs--97 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 18.6 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.271
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.8505
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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