PDB-1hly: SOLUTION STRUCTURE OF HONGOTOXIN 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hly

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF HONGOTOXIN 1

要素

HONGOTOXIN 1

キーワード

TOXIN / scorpion / centruroides limbatus Hgtx1 / potassium channel

機能・相同性

Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / : / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 2.5

機能・相同性情報

生物種

Centruroides limbatus (サソリ)

手法

溶液NMR / energy minimization

データ登録者

Pragl, B. / Koschak, A. / Trieb, M. / Obermair, G. / Kaufmann, W.A. / Gerster, U. / Blanc, E. / Hahn, C. / Prinz, H. / Schutz, G. ...

引用

ジャーナル: BIOCONJUG.CHEM. / 年: 2002
タイトル: Synthesis, characterization, and application of cy-dye- and alexa-dye-labeled hongotoxin(1) analogues. The first high affinity fluorescence probes for voltage-gated K+ channels.
著者: Pragl, B. / Koschak, A. / Trieb, M. / Obermair, G. / Kaufmann, W.A. / Gerster, U. / Blanc, E. / Hahn, C. / Prinz, H. / Schutz, G. / Darbon, H. / Gruber, H.J. / Knaus, H.G.

履歴

登録	2000年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hly.cif.gz	286.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hly.ent.gz	249.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1hly_validation.pdf.gz	351.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1hly_full_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示
XML形式データ	1hly_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	1hly_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/1hly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/1hly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4du0-3 1av2-1 1av2-2 4du0-1 3lo4-1 1gmk-1 2pm5-2 4du0-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (5) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HONGOTOXIN 1

4.23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 25	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	HONGOTOXIN 1 分子量: 4234.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Centruroides limbatus (サソリ) / プラスミド: PG9HGTX1-A19C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59847

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	2D-TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: Four milligrams of HgTX1 were dissolved in 0.5 ml mixture of H2O and D2O in a 9:1 ratio (v/v). The pH value of the HgTX1 solution was 3.0 uncorrected for isotope effects. Amide proton ...内容: Four milligrams of HgTX1 were dissolved in 0.5 ml mixture of H2O and D2O in a 9:1 ratio (v/v). The pH value of the HgTX1 solution was 3.0 uncorrected for isotope effects. Amide proton exchange rate was determined after lyophilization and dissolution in 100% D2O
試料状態	pH: 3.0 / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	分類
DIANA	構造決定
X-PLOR	精密化

精密化

手法: energy minimization / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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