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- PDB-1hkq: PPS10 plasmid DNA replication initiator protein RepA. Replication... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hkq
タイトルPPS10 plasmid DNA replication initiator protein RepA. Replication inactive, dimeric N-terminal domain.
要素REPLICATION PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / WINGED-HELIX / PPS10 PLASMID / REPLICATION INITIATOR DIMER.
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication initiation / DNA-directed DNA polymerase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Initiator Rep protein / Initiator Replication protein, WH1 / Initiator Rep protein, WH2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / : / PHOSPHATE ION / Replication protein
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS SAVASTANOI (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Giraldo, R. / Fernandez-Tornero, C. / Evans, P.R. / Diaz-Orejas, R. / Romero, A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: A Conformational Switch between Transcriptional Repression and Replication Initiation in Repa Dimerization Domain
著者: Giraldo, R. / Fernandez-Tornero, C. / Evans, P.R. / Diaz-Orejas, R. / Romero, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural Changes in Repa, a Plasmid Replication Initiator, Upon Binding to Origin DNA
著者: Diaz-Lopez, T. / Lages-Gonzalo, M. / Serrano-Lopez, A. / Alfonso, C. / Rivas, G. / Diaz-Orejas, R. / Giraldo, R.
#2: ジャーナル: Fems Microbiol.Rev. / 年: 2003
タイトル: Common Domains in the Initiators of DNA Replication in Bacteria, Archaea and Eukarya: Combined Structural, Functional and Phylogenetic Perspectives
著者: Giraldo, R.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Protein Domains and Conformational Changes in the Activation of Repa, a DNA Replication Initiator
著者: Giraldo, R. / Andreu, J.M. / Diaz-Orejas, R.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Genetic and Functional Analysis of the Basic Replicon of Pps10, a Plasmid Specific for Pseudomonas Isolated from Pseudomonas Syringae, Patovar Savastanoi
著者: Nieto, C. / Giraldo, R. / Fernandez-Tresguerres, M.E. / Diaz, R.
履歴
登録2003年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年4月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REPLICATION PROTEIN
B: REPLICATION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,30513
ポリマ－30,3612
非ポリマー1,94411
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.866, 55.533, 96.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.05164, 0.99822, 0.02989), (0.99745, 0.05008, 0.05089), (0.0493, 0.03245, -0.99826)
ベクター: -15.37287, 11.53942, 70.66085)

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要素

#1: タンパク質 REPLICATION PROTEIN / REPA


分子量: 15180.649 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN DIMER, RESIDUES 2-133 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PPS10 PLASMID DNA REPLICATION INITIATOR, REPLICATION INACTIVE, DIMERIC SPECIES
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SAVASTANOI (バクテリア)
プラスミド: PRG-RECA-NHIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): SG22097 / 参照: UniProt: Q52546
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CLONED REPA STARTS WITH A SINGLE MET RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: VAPOUR DIFFUSION (HANGING DROPS), WELLS: 500 MICROLITRES (14% PEG4000, 6% MPD), DROPS: 5 MICROLITRES PROTEIN (5 MG/ML IN 50 MM K2HPO4/ KH2PO4, PH= 6.2),5 MICROLITRES WELL SOL. PLUS 1 ...詳細: VAPOUR DIFFUSION (HANGING DROPS), WELLS: 500 MICROLITRES (14% PEG4000, 6% MPD), DROPS: 5 MICROLITRES PROTEIN (5 MG/ML IN 50 MM K2HPO4/ KH2PO4, PH= 6.2),5 MICROLITRES WELL SOL. PLUS 1 MICROLITRE OF P-CL-MERCURIBENZOATE (=1 MM IN WATER), THIN LARGE CRYSTAL PRISMS APPEAR AT 295 DEGREES KELVIN IN 1 MONTH., pH 6.20
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 %(w/v)PEG40001reservoir
26 %(v/v)MPD1reservoir
35 mg/mlprotein1drop
450 mMpotassium phosphate1droppH6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.0090, 1.0120
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0091
21.0121
反射解像度: 2.75→48.2 Å / Num. obs: 8343 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 45.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.75 Å / 最低解像度: 48.2 Å / Num. measured all: 44839 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.75→27.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1025607.14 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE ELECTRON DENSITY FOR RESIDUES SER B36 - LYS B42 IN CHAIN B IS DISCONTINUOUS, INTERPRETED TO BE PARTIALLY DISORDERED. THUS IT HAS BEEN MODELLED BASED ON STEREOCHEMICAL RESTRAINTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 806 10.9 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 7421 96.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT / Bsol: 27.2205 Å2 / ksol: 0.305183 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.08 Å20 Å20 Å2
2--6.99 Å20 Å2
3----12.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→27.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2026 0 31 30 2087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 125 10.1 %
Rwork0.342 1110 -
obs--97.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4BENZ_NO.PARAMBENZ_NO.TOP
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.9 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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