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万見
- PDB-1hk6: Ral binding domain from Sec5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hk6
タイトルRal binding domain from Sec5
要素EXOCYST COMPLEX COMPONENT SEC5
キーワードEXOCYTOSIS / IPT RAL SEC5 EXOCYST / PROTEIN TRANSPORT / IMMUNOGLOBULIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


Insulin processing / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle tethering involved in exocytosis / regulation of entry of bacterium into host cell / exocyst / Golgi to plasma membrane transport / membrane fission / Flemming body / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of exocytosis ...Insulin processing / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle tethering involved in exocytosis / regulation of entry of bacterium into host cell / exocyst / Golgi to plasma membrane transport / membrane fission / Flemming body / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of exocytosis / mitotic cytokinesis / small GTPase binding / protein transport / protein kinase binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Exocyst complex component EXOC2/Sec5 / Exocyst complex component EXOC2/Sec5, N-terminal domain / Exocyst complex component Sec5 / IPT/TIG domain / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exocyst complex component 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mott, H.R. / Nietlispach, D. / Hopkins, L.J. / Mirey, G. / Camonis, J.H. / Owen, D.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2003
タイトル: Structure of the GTPase-binding domain of Sec5 and elucidation of its Ral binding site.
著者: Mott, H.R. / Nietlispach, D. / Hopkins, L.J. / Mirey, G. / Camonis, J.H. / Owen, D.
履歴
登録2003年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOCYST COMPLEX COMPONENT SEC5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1151
ポリマ－10,1151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 EXOCYST COMPLEX COMPONENT SEC5 / SEC5L1


分子量: 10114.772 Da / 分子数: 1 / 断片: IPT DOMAIN, RESIDUES 5-97 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HIS-MET AT N-TERMINUS FROM CLONING / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D4H1
構成要素の詳細PART OF THE EXOCYST COMPLEX INVOLVED IN THE DOCKING OF EXOCYSTIC VESICLES WITH FUSION SITES ON THE ...PART OF THE EXOCYST COMPLEX INVOLVED IN THE DOCKING OF EXOCYSTIC VESICLES WITH FUSION SITES ON THE PLASMA MEMBRANE. THE EXOCYST COMPLEX IS COMPOSED OF VARIOUS SUBUNITS NAMED AS SEC3,SEC5,SEC6,SEC8,SEC10,SEC15,EXO70 AND EXO84.
配列の詳細HIS A 3, INSERTION CLONING ARTEFACT MET A 4, INSERTION CLONING ARTEFACT

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING 15N-LEBELLED AND 13C,15N-LABELLED SEC5

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試料調製

試料状態イオン強度: 200 mM / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER精密化
CNS/ARIA1.1構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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