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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hjp | ||||||
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タイトル | HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA FROM E. COLI | ||||||
要素 | RUVA | ||||||
キーワード | DNA RECOMBINATION / DNA REPAIR / HOLLIDAY JUNCTION BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / recombinational repair / SOS response / four-way junction DNA binding / response to radiation / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Nishino, T. / Ariyoshi, M. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Morikawa, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Functional Analyses of the Domain Structure in the Holliday Junction Binding Protein Ruva 著者: Nishino, T. / Ariyoshi, M. / Iwasaki, H. / Shinagawa, H. / Morikawa, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hjp.cif.gz | 46.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hjp.ent.gz | 33.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hjp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hjp_validation.pdf.gz | 363.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hjp_full_validation.pdf.gz | 367.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hjp_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hjp_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/1hjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/1hjp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22111.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: RUVA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A809 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.9 詳細: 50MM CITRATE PH4.9 500MM NACL 10% GLYCEROL 3% PEG2000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 4.8 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月29日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→80 Å / Num. obs: 7922 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 80.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→15 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 7873 / Rfactor all: 0.229 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |