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- PDB-1hhz: Deglucobalhimycin in complex with cell wall pentapeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hhz
タイトルDeglucobalhimycin in complex with cell wall pentapeptide
要素
  • CELL WALL PEPTIDE
  • DEGLUCOBALHIMYCIN
キーワードANTIBIOTIC/PEPTIDE / ANTIBIOTIC-PEPTIDE COMPLEX / GLYCOPEPTIDE / ANTIBIOTIC / CELL WALL PEPTIDE / BALHIMYCIN
機能・相同性Deglucobalhimycin / Chem-DVC / R-1,2-PROPANEDIOL / :
機能・相同性情報
生物種AMYCOLATOPSIS SP. (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 0.99 Å
データ登録者Lehmann, C. / Bunkoczi, G. / Sheldrick, G.M. / Vertesy, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structures of Glycopeptide Antibiotics with Peptides that Model Bacterial Cell-Wall Precursors
著者: Lehmann, C. / Bunkoczi, G. / Vertesy, L. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2000年12月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年7月25日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.32012年11月30日Group: Other
改定 2.02019年4月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / diffrn_source
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.32019年10月9日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEGLUCOBALHIMYCIN
B: DEGLUCOBALHIMYCIN
C: DEGLUCOBALHIMYCIN
D: CELL WALL PEPTIDE
E: CELL WALL PEPTIDE
F: CELL WALL PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,75513
ポリマ－4,9196
非ポリマー8367
水1,71195
1
B: DEGLUCOBALHIMYCIN
C: DEGLUCOBALHIMYCIN
E: CELL WALL PEPTIDE
F: CELL WALL PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7868
ポリマ－3,2794
非ポリマー5074
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-6.4 kcal/mol
Surface area3270 Å2
手法PISA
2
A: DEGLUCOBALHIMYCIN
D: CELL WALL PEPTIDE
ヘテロ分子

A: DEGLUCOBALHIMYCIN
D: CELL WALL PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,93810
ポリマ－3,2794
非ポリマー6596
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+4/31
Buried area2240 Å2
ΔGint-15.8 kcal/mol
Surface area2280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.290, 48.290, 39.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2006-

HOH

21F-2001-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.81806, -0.28248, -0.50097), (0.27498, 0.57294, -0.77209), (0.50513, -0.76938, -0.39103)69.43897, 18.29514, 12.76565
2given(-0.78465, 0.25722, 0.56406), (0.34973, -0.5676, 0.74534), (0.51187, 0.7821, 0.35541)40.4391, -24.31767, -7.14059

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DEGLUCOBALHIMYCIN


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: DEGLUCOBALHIMYCIN LACKS THE D-GLUCOSE COMPONENT OF BALHIMYCIN CONSISTING OF THE TRICYCLIC HEPTAPEPTIDE AND (2R,4S,6S)-4-AZANYL-4,6-DIMETHYL-OXANE-2,5,5-TRIOL ONLY LINKED TO RESIDUE 6.
由来: (合成) AMYCOLATOPSIS SP. (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00707, Deglucobalhimycin
#2: タンパク質・ペプチド CELL WALL PEPTIDE


分子量: 489.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 糖 ChemComp-DVC / (2R,4S,6S)-4-azanyl-4,6-dimethyl-oxane-2,5,5-triol


タイプ: L-saccharide, alpha linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 177.198 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H15NO4
詳細: DEGLUCOBALHIMYCIN LACKS THE D-GLUCOSE COMPONENT OF BALHIMYCIN CONSISTING OF THE TRICYCLIC HEPTAPEPTIDE AND (2R,4S,6S)-4-AZANYL-4,6-DIMETHYL-OXANE-2,5,5-TRIOL ONLY LINKED TO RESIDUE 6.
参照: Deglucobalhimycin
#4: 化合物
ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BALHIMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...BALHIMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY TWO MONOSACCHARIDES: A D-GLUCOSE AND A 4-OXO-VANCOSAMINE. HERE, DEGLUCOBALHIMYCIN IS REPRESENTED GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND ONE LIGAND (HET) DVC. GROUP: 1 NAME: DEGLUCOBALHIMYCIN CHAIN: A, B, C COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 7 COMPONENT_2: SUGAR RESIDUES 9 DESCRIPTION: DEGLUCOBALHIMYCIN LACKS THE D-GLUCOSE COMPONENT OF BALHIMYCIN CONSISTING OF THE TRICYCLIC HEPTAPEPTIDE AND 4-OXO-VANCOSAMINE ONLY, LINKED TO RESIDUE 6.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.1 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.3M CIT, PH=7, 30% 1,2-PROPANEDIOL, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9114
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9114 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.99→41.85 Å / Num. obs: 29932 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル解像度: 0.99→1.1 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 0.99→41.85 Å / Num. parameters: 4237 / Num. restraintsaints: 4905 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1403 1529 5.1 %SHELLS
all0.1083 29932 --
obs0.1075 -99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: METHOD USED: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 280.8 / Occupancy sum non hydrogen: 448.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.99→41.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数320 0 53 95 468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.086
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.084
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.19
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.085
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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