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万見
- PDB-1hh5: cytochrome c7 from Desulfuromonas acetoxidans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hh5
タイトルcytochrome c7 from Desulfuromonas acetoxidans
要素CYTOCHROME C7
キーワードELECTRON TRANSPORT / MULTIHEME CYTOCHROME
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic respiration / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c7 and related cytochrome c / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c3
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFUROMONAS ACETOXIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Czjzek, M. / Haser, R. / Arnoux, P. / Shepard, W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of Cytochrome C7 from Desulfuromonas Acetoxidans at 1.9A Resolutio N
著者: Czjzek, M. / Arnoux, P. / Haser, R. / Shepard, W.
履歴
登録2000年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1364
ポリマ－7,2801
非ポリマー1,8563
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.190, 43.830, 44.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C7 / CYTOCHROME C3


分子量: 7280.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFUROMONAS ACETOXIDANS (バクテリア)
細胞内の位置: PERIPLASMIC / 参照: UniProt: P00137
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYSES PHOSPHORYLATION IN SULFATE RESPIRATION BY TRANSFERRING ELECTRONS FROM THE ENZYME ...CATALYSES PHOSPHORYLATION IN SULFATE RESPIRATION BY TRANSFERRING ELECTRONS FROM THE ENZYME DEHYDROGENASE TO FERREDOXIN.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化pH: 7.6 / 詳細: 20-22% PEG 1000, 0.1 M TRIS PH 7.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1drop
320-22 %PEG10001reservoir
40.1 MTris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: NI-FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→14 Å / Num. obs: 5213 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0.01 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.144 / % possible all: 81
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 % / Rmerge(I) obs: 0.182

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NEW

1new


解像度: 1.9→14 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 詳細: THREE RESIDUES HAVE MULTIPLE CONFORMERS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 542 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 5213 92.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.0162 Å2 / ksol: 0.30017 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数505 0 129 116 750
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg4.12
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 39 5 %
Rwork0.212 435 -
obs--72.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOP19X.HEME
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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