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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hgv | ||||||
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タイトル | Filamentous Bacteriophage PH75 | ||||||
![]() | PH75 INOVIRUS MAJOR COAT PROTEIN | ||||||
![]() | VIRUS / VIRUS COAT PROTEIN / HELICAL VIRUS COAT PROTEIN / SSDNA VIRUSES / INOVIRUS / FILAMENTOUS BACTERIOPHAGE / THERMOPHILES / MEMBRANE PROTEINS / ICOSAHEDRAL VIRUS | ||||||
機能・相同性 | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #80 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / helical viral capsid / host cell membrane / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha / membrane / Capsid protein G8P![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pederson, D.M. / Welsh, L.C. / Marvin, D.A. / Sampson, M. / Perham, R.N. / Yu, M. / Slater, M.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Protein Capsid of Filamentous Bacteriophage Ph75 from Thermus Thermophilus 著者: Pederson, D.M. / Welsh, L.C. / Marvin, D.A. / Sampson, M. / Perham, R.N. / Yu, M. / Slater, M.R. #1: ![]() タイトル: The Molecular Structure and Structural Transition of the Alpha-Helical Capsid in Filamentous Bacteriophage Pf1 著者: Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Marvin, D.A. #2: ![]() タイトル: Structure of the Capsid of Pf3 Filamentous Phage Determined from X-Ray Fibre Diffraction Data at 3.1 A Resolution 著者: Welsh, L.C. / Symmons, M.F. / Sturtevant, J.M. / Marvin, D.A. / Perham, R.N. #3: ![]() タイトル: Pf1 Filamentous Bacteriophage: Refinement of a Molecular Model by Simulated Annealing Using 3.3 Angstroms Resolution X-Ray Fibre Diffraction Data 著者: Gonzalez, A. / Nave, C. / Marvin, D.A. #4: ![]() タイトル: Model-Building Studies of Inovirus: Genetic Variations on a Geometric Theme 著者: Marvin, D.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 285 | THE ANALOGUE OF THE CRYSTALLOGRAPHIC SPACE GROUP FOR HELICAL STRUCTURES IS THE LINE GROUP (A.KLUG, ... THE ANALOGUE OF THE CRYSTALLOGRAPHIC SPACE GROUP FOR HELICAL STRUCTURES IS THE LINE GROUP (A.KLUG, F.H.C.CRICK, H.W.WYCKOFF, ACTA CRYSTALLOG. V.11, 199, 1958). THE LINE GROUP OF PF1 IS S. THE UNIT CELL DIMENSIONS ARE THE HELIX PARAMETERS (UNIT TWIST TAU, UNIT HEIGHT P). THE INDEXING OF UNITS ALONG THE BASIC HELIX IS ILLUSTRATED IN REFERENCE 4. TO GENERATE COORDINATES X(K), Y(K), Z(K) OF UNIT K FROM THE GIVEN COORDINATES X(0), Y(0), Z(0) OF UNIT 0 IN A UNIT CELL WITH HELIX PARAMETERS (TAU, P) = (66.667, 2.90), APPLY THE MATRIX AND VECTOR: | COS(TAU*K) -SIN(TAU*K) 0 | | 0 | | SIN(TAU*K) COS(TAU*K) 0 | + | 0 | | 0 0 1 | | P*K | THE NEIGHBORS IN CONTACT WITH UNIT 0 ARE UNITS K = +/-1, +/-5, +/-6, +/-11 AND +/-17. THESE SYMMETRY-RELATED COPIES ARE USED TO DETERMINE INTERCHAIN NON-BONDED CONTACTS DURING THE REFINEMENT. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 339.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 344.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 35||||||||
2 |
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3 | ![]()
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単位格子 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 35 / Rise per n subunits: 2.9 Å / Rotation per n subunits: 66.667 °) |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4816.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MAJOR COAT PROTEIN ASSEMBLY / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | 解説: THE DATA IS DERIVED FROM CONTINUOUS TRANSFORM DATA AND THEREFORE THE NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS IS A MEANINGLESS NUMBER. |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / % possible obs: 100 % |
反射 | *PLUS % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1IFN 解像度: 2.4→50 Å / σ(F): 0 詳細: THE MODEL WAS DERIVED FROM PDB ENTRY 1IFN, REFERENCE 1, BY MOLECULAR REPLACEMENT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: FXPLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rfree: 0.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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