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万見
- PDB-1hg4: Ultraspiracle ligand binding domain from Drosophila melanogaster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hg4
タイトルUltraspiracle ligand binding domain from Drosophila melanogaster
要素ULTRASPIRACLE
キーワードNUCLEAR HORMONE RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / LIGAND BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone biosynthetic process / cellular response to ecdysone / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Signaling by Retinoic Acid / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cytoprotection by HMOX1 / ecdysone receptor holocomplex / activator ecdysone receptor complex / Recycling of bile acids and salts ...ecdysone biosynthetic process / cellular response to ecdysone / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Signaling by Retinoic Acid / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cytoprotection by HMOX1 / ecdysone receptor holocomplex / activator ecdysone receptor complex / Recycling of bile acids and salts / Carnitine shuttle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Nuclear Receptor transcription pathway / response to ecdysone / ecdysone receptor signaling pathway / pupariation / regulation of development, heterochronic / mushroom body development / metamorphosis / border follicle cell migration / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / polytene chromosome / regulation of organ growth / neuron remodeling / response to starvation / dendrite morphogenesis / germ cell development / hormone binding / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of cell differentiation / core promoter sequence-specific DNA binding / retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear receptor activity / nervous system development / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / dendrite / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Retinoid X receptor/HNF4 / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LPP / Protein ultraspiracle
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schwabe, J.W.R. / Clayton, G.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: The Structure of the Ultraspiracle Ligand-Binding Domain Reveals a Nuclear Receptor Locked in an Inactive Conformation
著者: Clayton, G.M. / Peak-Chew, S.Y. / Evans, R.M. / Schwabe, J.W.R.
履歴
登録2000年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ULTRASPIRACLE
B: ULTRASPIRACLE
C: ULTRASPIRACLE
D: ULTRASPIRACLE
E: ULTRASPIRACLE
F: ULTRASPIRACLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,02412
ポリマ－188,1316
非ポリマー3,8936
水3,387188
1
A: ULTRASPIRACLE
C: ULTRASPIRACLE
D: ULTRASPIRACLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0126
ポリマ－94,0663
非ポリマー1,9473
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ULTRASPIRACLE
E: ULTRASPIRACLE
F: ULTRASPIRACLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0126
ポリマ－94,0663
非ポリマー1,9473
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.980, 86.190, 137.000
Angle α, β, γ (deg.)85.57, 85.94, 83.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細BUT THE BIOLOGICALLY ACTIVE MOLECULE IS HETERODIMER

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要素

#1: タンパク質
ULTRASPIRACLE


分子量: 31355.182 Da / 分子数: 6 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN RESIDUES 230-508 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PHOSPHATIDIC ACID MODELLED IN LIGAND BINDING POCKET OF 6 PROTEIN MONOMERS
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20153
#2: 化合物
ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT


分子量: 648.891 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE C-TERMINAL STEROID-BINDING DOMAIN OF RECEPTOR FOR ECDYSONE. MAY PLAY AN IMPORTANT ROLE AS A ...THE C-TERMINAL STEROID-BINDING DOMAIN OF RECEPTOR FOR ECDYSONE. MAY PLAY AN IMPORTANT ROLE AS A MODULATOR IN INSECT METAMORPHOSIS. IMPORTANT IN EMBRYONIC AND POST-EMBRYONIC DEVELOPMENT. BINDS TO ECDYSONE RESPONSE ELEMENTS(ECRES). ONLY HETERODIMER OF USP AND ECR IS CAPABLE OF HIGH-AFFINITY BINDING TO ECDYSONE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used streak-seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
2130 mMammonium sulfate1reservoir
3160 mMsodium acetate1reservoir
425 %PEG20001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34 Å / Num. obs: 60384 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 4.4
反射
*PLUS
最低解像度: 34 Å / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 175324
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CNS1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ERE

1ere


解像度: 2.4→34 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 3058 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 60384 90 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11402 0 264 188 11854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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