ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1 精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング SHARP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 多波長異常分散 / 解像度 : 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error : 0.012 / Data cutoff high absF : 1274374.44 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 詳細 : FIRST POST SUBMISSION CORRECTION C- TERMINUS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.265 518 9.9 % RANDOM Rwork 0.257 - - - obs 0.257 5237 99.1 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 75.8674 Å2 / ksol : 0.389157 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 62.4 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -13.82 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 28.18 Å2 0 Å2 3- - - -14.36 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.41 Å 0.35 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.3 Å 0.32 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.4→20 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1000 0 0 65 1065
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.019 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg2.1 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d21.7 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.36 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it1.96 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it3.44 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2.83 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it4.14 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error : 0.038 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.347 85 10.2 % Rwork 0.311 747 - obs - - 96.3 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 3 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア *PLUS
名称 : CNS / バージョン : 1 / 分類 : refinement拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg21.7 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg1.36