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万見
- PDB-1he9: Crystal structure of the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1he9
タイトルCrystal structure of the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin
要素EXOENZYME S
キーワードTOXIN (EXOENZYME S) / EXOS / PSEUDOMONAS AERUGINOSA / GAP / TOXIN / VIRULENCE FACTOR / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / GTPase activator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Virulence factor YopE uncharacterised domain / Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / : / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Virulence factor YopE uncharacterised domain / Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / : / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wurtele, M. / Renault, L. / Barbieri, J.T. / Wittinghofer, A. / Wolf, E.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: Structure of the Exos Gtpase Activating Domain
著者: Wurtele, M. / Renault, L. / Barbieri, J.T. / Wittinghofer, A. / Wolf, E.
履歴
登録2000年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXOENZYME S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4331
ポリマ－14,4331
非ポリマー00
水1,17165
1
A: EXOENZYME S

A: EXOENZYME S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8662
ポリマ－28,8662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area1770 Å2
ΔGint-10.9 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.897, 55.646, 107.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER

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要素

#1: タンパク質 EXOENZYME S / EXOS


分子量: 14432.834 Da / 分子数: 1 / 断片: 96-234 GTPASE-ACTIVATING PROTEIN (GAP-DOMAIN) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 遺伝子: EXOS / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51451
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化pH: 5.5
詳細: MGCL2, (NH4)2SO4, PEG 6000, NA-CACODYLATE PH5.5, pH 5.50
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
225 mMTris1drop
316 %PEG60001reservoir
40.2 Mammonium sulfate1reservoir
510 mM1reservoirMgCl2
6100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9789,0.9790,0.8856,1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.9791
30.88561
41.541
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 5237 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 8 / Rsym value: 0.175 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
% possible obs: 95.3 % / Num. measured all: 68947 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.175

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1274374.44 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: FIRST POST SUBMISSION CORRECTION C- TERMINUS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 518 9.9 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.257 5237 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 75.8674 Å2 / ksol: 0.389157 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.82 Å20 Å20 Å2
2--28.18 Å20 Å2
3----14.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1000 0 0 65 1065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.142.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 85 10.2 %
Rwork0.311 747 -
obs--96.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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