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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hdx | ||||||
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タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF THREE HUMAN ALCOHOL DEHYDROGENASE VARIANTS: CORRELATIONS WITH THEIR FUNCTIONAL DIFFERENCES | ||||||
![]() | ALCOHOL DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE(NAD(A)-CHOH(D)) | ||||||
機能・相同性 | ![]() all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / retinoid metabolic process / zinc ion binding / nucleoplasm ...all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) / Ethanol oxidation / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / retinoid metabolic process / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Hurley, T.D. / Amzel, L.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of three human beta alcohol dehydrogenase variants. Correlations with their functional differences. 著者: Hurley, T.D. / Bosron, W.F. / Stone, C.L. / Amzel, L.M. #1: ![]() タイトル: The Structure of Human Beta-1 Alcohol Dehydrogenase: Catalytic Effects of Non-Active Site Substitutions 著者: Hurley, T.D. / Amzel, L.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 62 / 2: CIS PROLINE - PRO B 62 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.0786, 0.9791, -0.187), ベクター: 詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE DIMER OF HUMAN ALCOHOL DEHYDROGENASE. THE TRANSFORMATION PRESENTED IN *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39773.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 119分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/CXL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/CXL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.36 Å / Num. obs: 21574 / Num. measured all: 49969 / Rmerge(I) obs: 0.005 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→7 Å / Rfactor Rwork: 0.179 / Rfactor obs: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection all: 19450 / Num. reflection obs: 19023 / σ(I): 1 / Rfactor all: 0.183 / Rfactor obs: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.12 |