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万見
- PDB-1hdu: Crystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hdu
タイトルCrystal structure of bovine pancreatic carboxypeptidase A complexed with aminocarbonylphenylalanine at 1.75 A
要素CARBOXYPEPTIDASE A
キーワードCARBOXYPEPTIDASE / CPA / LBHB / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase A / leukotriene metabolic process / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A ...Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE / Carboxypeptidase A1
類似検索 - 構成要素
生物種BOS BOVIS (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cho, J.H. / Ha, N.-C. / Chung, S.J. / Kim, D.H. / Choi, K.Y. / Oh, B.-H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2002
タイトル: Insight Into the Stereochemistry in the Inhibition of Carboxypeptidase a with N-(Hydroxyaminocarbonyl)Phenylalanine: Binding Modes of an Enantiomeric Pair of the Inhibitor to Carboxypeptidase A
著者: Cho, J.H. / Kim, D.H. / Chung, S.J. / Ha, N.-C. / Oh, B.-H. / Choi, K.Y.
履歴
登録2000年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYPEPTIDASE A
B: CARBOXYPEPTIDASE A
D: CARBOXYPEPTIDASE A
E: CARBOXYPEPTIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,86412
ポリマ－137,7704
非ポリマー1,0948
水10,647591
1
A: CARBOXYPEPTIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7163
ポリマ－34,4421
非ポリマー2742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CARBOXYPEPTIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7163
ポリマ－34,4421
非ポリマー2742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
D: CARBOXYPEPTIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7163
ポリマ－34,4421
非ポリマー2742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
E: CARBOXYPEPTIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7163
ポリマ－34,4421
非ポリマー2742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.570, 60.524, 74.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.84, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細BIOLOGICAL_UNIT: MONOMER

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要素

#1: タンパク質
CARBOXYPEPTIDASE A


分子量: 34442.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS BOVIS (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00730, carboxypeptidase A
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ING / D-[(AMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE


分子量: 208.214 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PEPTIDYL-L-AMINO ACID + H(2)O = PEPTIDE + L-AMINO ACID THE ZYMOGEN IS SECRETED AS A TERNARY COMPLEX ...PEPTIDYL-L-AMINO ACID + H(2)O = PEPTIDE + L-AMINO ACID THE ZYMOGEN IS SECRETED AS A TERNARY COMPLEX COMPOSED OF PROCARBOXYPEPTIDASE A, CHYMOTRYPSINOGEN C AND PROPROTEINASE E. ALSO KNOWN AS THE ZINC CARBOXYPEPTIDASE FAMILY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein11
20.02 MTris-HCl11pH7.5
31.2 M11LiCl
40.14 M12pH7.5LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 89359 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 15
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 77.4 % / Rmerge(I) obs: 0.149

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 -5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 93239 81.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9744 0 64 591 10399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0054
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Rfactor obs: 0.187 / Rfactor Rfree: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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