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- PDB-1hcz: LUMEN-SIDE DOMAIN OF REDUCED CYTOCHROME F AT-35 DEGREES CELSIUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hcz
タイトルLUMEN-SIDE DOMAIN OF REDUCED CYTOCHROME F AT-35 DEGREES CELSIUS
要素CYTOCHROME F
キーワードELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS / CYTOCHROME B6F COMPLEX / CHLOROPLAST TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome f large domain / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Rudiment single hybrid motif ...Cytochrome f large domain / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Rudiment single hybrid motif / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome f
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica rapa (カブラ)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Martinez, S.E. / Huang, D. / Szczepaniak, A. / Cramer, W.A. / Smith, J.L.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: The heme redox center of chloroplast cytochrome f is linked to a buried five-water chain.
著者: Martinez, S.E. / Huang, D. / Ponomarev, M. / Cramer, W.A. / Smith, J.L.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Chloroplast Cytochrome F Reveals a Novel Cytochrome Fold and Unexpected Heme Ligation
著者: Martinez, S.E. / Huang, D. / Szczepaniak, A. / Cramer, W.A. / Smith, J.L.
履歴
登録1996年9月18日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1622
ポリマ－27,5451
非ポリマー6161
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.600, 82.200, 45.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME F


分子量: 27545.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica rapa (カブラ) / 器官: LEAF / Organelle: CHLOROPLAST / 参照: UniProt: P36438
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化
*PLUS
温度: 5-9 ℃ / 手法: capillary vapor diffusion method

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データ収集

回折平均測定温度: 238 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 21059 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.068
反射
*PLUS
最高解像度: 1.96 Å / Num. measured all: 86869

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5A精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 最高解像度: 1.96 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 986 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs-19639 90 %-
溶媒の処理溶媒モデル: TNT BULK SOLVENT CORRECTION / Bsol: 251.3 Å2 / ksol: 0.73 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1924 0 43 408 2375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01320188
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.5275410
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.6131920
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle19.92220
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.017599
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01728230
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.618260.4
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0486420
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5A / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 26.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg20.620
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01730

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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