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- PDB-1hcr: HIN RECOMBINASE BOUND TO DNA: THE ORIGIN OF SPECIFICITY IN MAJOR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hcr
タイトルHIN RECOMBINASE BOUND TO DNA: THE ORIGIN OF SPECIFICITY IN MAJOR AND MINOR GROOVE INTERACTIONS
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
  • PROTEIN (HIN RECOMBINASE)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain ...Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-invertase hin
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Feng, J.-A. / Johnson, R.C. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Hin recombinase bound to DNA: the origin of specificity in major and minor groove interactions.
著者: Feng, J.A. / Johnson, R.C. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Prelimanary X-Ray Analysis of the DNA Binding Domain of the Hin Recombinase with its DNA Binding Site
著者: Feng, J.-A. / Simon, M. / Mack, D.P. / Dervan, P.B. / Johnson, R.C. / Dickerson, R.E.
履歴
登録1993年12月17日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')
A: PROTEIN (HIN RECOMBINASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2903
ポリマ－14,2903
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.920, 81.370, 44.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: LYS A 186 - LYS A 187 OMEGA =148.79 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4324.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3')


分子量: 3918.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#3: タンパク質 PROTEIN (HIN RECOMBINASE)


分子量: 6047.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P03013
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER水11
2PEG 150011

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 17839 / Num. obs: 5346 / Observed criterion σ(F): 2

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2
詳細: THIS COORDINATE SET IS PRELIMINARY. REFINEMENT IS STILL IN PROGRESS. RESIDUES SER 183 AND SER 184 ARE POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAP.
Rfactor反射数
Rwork0.228 -
obs0.228 5346
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数426 547 0 16 989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.97
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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