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- PDB-1hc8: CRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hc8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX
要素
  • 58 NUCLEOTIDE RIBOSOMAL 23S RNA DOMAIN
  • RIBOSOMAL PROTEIN L11
キーワードRIBOSOME / RIBOSOMAL RNA / TERTIARY STRUCTURE / RNA-PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily ...Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / OSMIUM ION / RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL11
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Conn, G.L. / Draper, D.E. / Lattman, E.E. / Gittis, A.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: A Compact RNA Tertiary Structure Contains a Buried Backbone-K+ Complex
著者: Conn, G.L. / Gittis, A.G. / Lattman, E.E. / Misra, V.K. / Draper, D.E.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of a Conserved Ribosomal Protein-RNA Complex
著者: Conn, G.L. / Draper, D.E. / Lattman, E.E. / Gittis, A.G.
履歴
登録2001年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL PROTEIN L11
B: RIBOSOMAL PROTEIN L11
C: 58 NUCLEOTIDE RIBOSOMAL 23S RNA DOMAIN
D: 58 NUCLEOTIDE RIBOSOMAL 23S RNA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,45531
ポリマ－54,1054
非ポリマー1,35027
水23413
1
A: RIBOSOMAL PROTEIN L11
C: 58 NUCLEOTIDE RIBOSOMAL 23S RNA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,71515
ポリマ－27,0532
非ポリマー66313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RIBOSOMAL PROTEIN L11
D: 58 NUCLEOTIDE RIBOSOMAL 23S RNA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,74016
ポリマ－27,0532
非ポリマー68714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)150.675, 150.675, 63.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.043157, -0.998994, -0.012207), (-0.392208, -0.005704, -0.919859), (0.918863, 0.044486, -0.39206)
ベクター: 166.83, 180.4792, -58.8074)
詳細COMPLEX OF THE RIBOSOMAL PROTEIN L11 AND THERIBOSOMAL 23S RNA FRAGMENT

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 8167.547 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
プラスミド: PET11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56210
#2: RNA鎖 58 NUCLEOTIDE RIBOSOMAL 23S RNA DOMAIN


分子量: 18885.150 Da / 分子数: 2 / 断片: NTS 1051-1108 FROM E. COLI 23S RRNA / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
解説: RNA SYNTHESIZED BY IN VITRO TRANSCRIPTION USING T7 RNA POLYMERASE
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

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非ポリマー , 4種, 40分子

#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-OS / OSMIUM ION


分子量: 190.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Os
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CHAIN C, D ENGINEERED MUTATION U1601A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PEG 600, MAGNESIUM ACETATE, COBALT HEXAMINE CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, KCL, pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Conn, G.L., (1999) Science, 284, 1171.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMsodium cacodylate1reservoir
215 %PEG6001reservoir
380 mM1reservoirMg(OAc)2
4100 mM1reservoirKCl
50.2 mM1reservoirCo(NH3)6Cl3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.13951
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.13951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 17542 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 75.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / % possible all: 88.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 89078 / Rmerge(I) obs: 0.55
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.7 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1373 7.8 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 17542 94.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1063 2504 27 13 3607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.84 Å / Total num. of bins used: 27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.425 48 7.8 %
Rwork0.368 525 -
obs--88.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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