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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hby | |||||||||
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タイトル | Binding of Phosphate and Pyrophosphate ions at the active site of human angiogenin as revealed by X-ray Crystallography | |||||||||
![]() | ANGIOGENIN | |||||||||
![]() | ANGIOGENIN / RIBONUCLEASE / PHOSPHATE / PYROPHOSPHATE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation ...angiogenin-PRI complex / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-specific ribonuclease activity / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / hematopoietic stem cell proliferation / rRNA transcription / basement membrane / positive regulation of phosphorylation / endocytic vesicle / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / response to hormone / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization / peptide binding / RNA endonuclease activity / stress granule assembly / placenta development / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cytoplasmic stress granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cell migration / actin cytoskeleton / heparin binding / chromosome / ribosome binding / actin binding / growth cone / angiogenesis / endonuclease activity / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / rRNA binding / receptor ligand activity / copper ion binding / signaling receptor binding / innate immune response / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Leonidas, D.D. / Chavali, G.B. / Jardine, A.S. / Li, S. / Shapiro, R. / Acharya, K.R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of Phosphate and Pyrophosphate Ions at the Active Site of Human Angiogenin as Revealed by X-Ray Crystallography 著者: Leonidas, D.D. / Chavali, G.B. / Jardine, A.M. / Li, S. / Shapiro, R. / Acharya, K.R. #1: ![]() タイトル: Refined Crystal Structures of Native Human Angiogenin and Two Active Site Variants: Implications for the Unique Functional Properties of an Enzyme Involved in Neovascularisation During Tumour Growth 著者: Leonidas, D.D. / Shapiro, R. / Allen, S.C. / Subbarao, G.V. / Velouraja, K. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 240.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 240.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 877 B | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14152.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#3: 水 | ChemComp-HOH / | ||
構成要素の詳細 | TRNA-SPECIFIC RIBONUCLEAHas protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 25% PEG 6000, 0.1M MES, PH 6.0, 0.1M NACL | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 7458 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / % possible all: 97.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 38523 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1B1I 解像度: 2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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