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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hbh | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF DEOXYHAEMOGLOBIN OF THE ANTARCTIC FISH PAGOTHENIA BERNACCHII AND STRUCTURAL BASIS OF THE ROOT EFFECT | ||||||
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![]() | OXYGEN CARRIER | ||||||
機能・相同性 | ![]() hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity ...hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ito, N. / Komiyama, N.H. / Fermi, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of deoxyhaemoglobin of the antarctic fish Pagothenia bernacchii with an analysis of the structural basis of the root effect by comparison of the liganded and unliganded haemoglobin structures. 著者: Ito, N. / Komiyama, N.H. / Fermi, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.00258, -0.00114, -1), ベクター: 詳細 | THE COMPLETE TETRAMER (I.E., ASYMMETRIC UNIT) IS GIVEN HERE AND THE TRANSFORMATION PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR DIMER BC WHEN APPLIED TO DIMER AB. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15683.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16153.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→10 Å / Num. obs: 29393 / % possible obs: 79 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 49914 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.146 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→10 Å / σ(I): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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