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- PDB-1hbg: GLYCERA DIBRANCHIATA HEMOGLOBIN. STRUCTURE AND REFINEMENT AT 1.5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hbg
タイトルGLYCERA DIBRANCHIATA HEMOGLOBIN. STRUCTURE AND REFINEMENT AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素HEMOGLOBIN (CARBONMONOXY)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin, major monomeric component
類似検索 - 構成要素
生物種Glycera dibranchiata (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Arents, G.A. / Braden, B.C. / Padlan, E.A. / Love, W.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Glycera dibranchiata hemoglobin. Structure and refinement at 1.5 A resolution.
著者: Arents, G. / Love, W.E.
履歴
登録1991年2月11日処理サイト: BNL
改定 1.01992年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN (CARBONMONOXY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5803
ポリマ－14,9351
非ポリマー6442
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.750, 83.150, 38.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: SEVEN RESIDUES HAVE THEIR SIDE CHAINS MODELED IN MORE THAN ONE CONFORMATION. THEY ARE LEU 31, MET 79, LYS 84, ASN 95, SER 109, SER 112, AND SER 143. ALSO SEE REMARK 6 ABOVE.

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN (CARBONMONOXY)


分子量: 14935.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Glycera dibranchiata (無脊椎動物)
参照: UniProt: P02216
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE A NUMBER OF SEQUENCE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCE PRESENTED IN THIS ENTRY AND THAT IN ...THERE ARE A NUMBER OF SEQUENCE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCE PRESENTED IN THIS ENTRY AND THAT IN PROTEIN IDENTIFICATION RESOURCE (PIR) ENTRY GGNW1B WHICH IS BASED ON THE SEQUENCE OF T.IMAMURA,T.O.BALDWIN,A.RIGGS, J.BIOL.CHEM., V. 247, P. 2785 (1972). THE SUBSTITUTION OF ALA FOR ASP AT RESIDUE 20 AND PHE FOR HIS AT RESIDUE 34 AGREE WITH THE PARTIAL SEQUENCE OF S.L.LI,A.F.RIGGS, BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA, V. 236, P. 208 (1971)). RESIDUE 29 IS ASP IN THE SEQUENCE OF IMAMURA ET AL. AND GLU IN THE SEQUENCE OF LI AND RIGGS. RESIDUE 29 HAS BEEN MODELED AS LYS IN THIS ENTRY DUE TO THE ABSENCE OF SIDE CHAIN BRANCHING IN THE ELECTRON DENSITY MAP. RESIDUE 54 WAS CHANGED FROM ALA TO GLY AND RESIDUE 100 WAS CHANGED FROM GLY TO ALA; THE CORRESPONDING NEGATIVE AND POSITIVE DIFFERENCE ELECTRON DENSITY PEAKS IMMEDIATELY DISAPPEARED. THE SUBSTITUTION OF ALA FOR ASP AT RESIDUE 57 AGREES WELL WITH THE X-RAY DATA BUT MAY NOT REPRESENT THE TRUTH. THE SIDE-CHAIN OF RESIDUE 57 IS COMPLETELY EXPOSED TO THE SOLVENT; THEREFORE IT IS POSSIBLE THAT THE CG AND OD ATOMS ARE PRESENT BUT EXIST IN TOO MANY CONFORMATIONS IN THE CRYSTAL FOR ANY CORRESPONDING ELECTRON DENSITY TO BE VISIBLE. NEVERTHELESS, ALA WAS SUBSTITUTED AT RESIDUE 57 BECAUSE THERE IS NO ELECTRON DENSITY TO WHICH THE ASPARTATE ATOMS COULD BE FITTED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: unknown / 詳細: took Padlan & Love (1974) from original paper
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.2 M11NaCl
20.03 Mpotassium phosphate11
3hemoglobin11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 5 Å / Num. obs: 15951 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Num. measured all: 39770

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.146 / 最高解像度: 1.5 Å
詳細: LEUCINE 31 SHOWS EQUAL WEIGHT FOR EACH OF THE THREE POSSIBLE GAUCHE CONFORMATIONS OF ATOMS CD1 AND CD2. THESE ARE PRESENTED AS THREE ALTERNATE CONFORMATIONS WITH AN OCCUPANCY OF 0.33 EACH. ...詳細: LEUCINE 31 SHOWS EQUAL WEIGHT FOR EACH OF THE THREE POSSIBLE GAUCHE CONFORMATIONS OF ATOMS CD1 AND CD2. THESE ARE PRESENTED AS THREE ALTERNATE CONFORMATIONS WITH AN OCCUPANCY OF 0.33 EACH. NOTE THAT ONLY THREE SETS OF COORDINATES WERE USED TO MODEL THIS DISORDER AND, THEREFORE, THE SIX ATOMS APPEAR AS THREE ATOMS IN A GRAPHICAL VIEW OF THE ENTRY.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1062 0 45 155 1262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.038
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Rfactor obs: 0.146
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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