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- PDB-1ha5: Structural features of a zinc-binding site in the superantigen st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ha5
タイトルStructural features of a zinc-binding site in the superantigen streptococcal pyrogenic exotoxin A (SpeA1): implications for MHC class II recognition.
要素STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1
キーワードTOXIN / MOLECULAR RECOGNITION / SUPERANTIGEN / EXOTOXIN / ZINC BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exotoxin type A / Exotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Baker, M.D. / Gutman, D.M. / Papageorgiou, A.C. / Collins, C.M. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Structural Features of a Zinc Binding Site in the Superantigen Strepococcal Pyrogenic Exotoxin a (Spea1): Implications for Mhc Class II Recognition.
著者: Baker, M.D. / Gutman, D.M. / Papageorgiou, A.C. / Collins, C.M. / Acharya, K.R.
履歴
登録2001年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1
B: STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1
C: STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1
D: STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,7688
ポリマ－101,5064
非ポリマー2624
水2,558142
1
A: STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4422
ポリマ－25,3771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4422
ポリマ－25,3771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4422
ポリマ－25,3771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4422
ポリマ－25,3771
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.946, 101.320, 82.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.81858, 0.38074, 0.43008), (0.38661, -0.91897, 0.0777), (0.42481, 0.10267, -0.89944)-27.65683, 117.6848, 10.46601
2given(-0.88628, -0.45384, -0.09243), (-0.4596, 0.83708, 0.29676), (-0.05731, 0.30549, -0.95047)213.83876, 46.25376, 40.28626
3given(-0.93229, 0.06627, -0.35559), (0.08612, -0.91414, -0.39614), (-0.35131, -0.39994, 0.84654)183.98863, 159.65471, 69.67257

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要素

#1: タンパク質
STREPTOCOCCAL PYOGENIC EXOTOXIN A1


分子量: 25376.520 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 33-250 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P08095, UniProt: P0DJY7*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SUPERANTIGEN STEPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A1 IS RECOGNISED BY MHC CLASSII MOLECULES AND T-CELL ...SUPERANTIGEN STEPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A1 IS RECOGNISED BY MHC CLASSII MOLECULES AND T-CELL RECEPTORS. THE ZINC ION HAS BEEN SHOWN TO HAVE A ROLE AS A SECOND HIGH AFFINITY MHC CLASS II BINDING SITE AND IN THE THERMOSTABILITY OF SUPERANTIGENS.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9057
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9057 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 26185 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 5.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 61.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1B1Z

1b1z


解像度: 2.82→39.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1727947.22 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 5, 88, 112, 115, 179, 180 WERE MODELLED AS ALANINE IN ALL 4 MOLECULES DUE TO INSUFFICIENT DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2834 2482 9.9 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 25045 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.317447 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---6.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7034 0 4 142 7180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 286 10.3 %
Rwork0.325 2494 -
obs--63.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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