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万見
- PDB-1ha4: GammaS crystallin C terminal domain from Homo Sapiens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ha4
タイトルGammaS crystallin C terminal domain from Homo Sapiens
要素GAMMA CRYSTALLIN S
キーワードEYE LENS PROTEIN / GAMMAS CRYSTALLIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / morphogenesis of an epithelium
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin S
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Purkiss, A.G. / Slingsby, C. / Bateman, O.A. / Goodfellow, J.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The X-Ray Crystal Structure of Human Gamma S-Crystallin C-Terminal Domain
著者: Purkiss, A.G. / Bateman, O.A. / Goodfellow, J.M. / Lubsen, N.H. / Slingsby, C.
履歴
登録2001年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA CRYSTALLIN S
B: GAMMA CRYSTALLIN S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8562
ポリマ－20,8562
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.367, 61.367, 241.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 GAMMA CRYSTALLIN S / BETA CRYSTALLIN S


分子量: 10427.862 Da / 分子数: 2 / 断片: C TERMINAL DOMAIN RESIDUES 91-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: EYE / Organelle: EYE-LENS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22914
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.308 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 5
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 24% PEG MONOMETHYLETHER, pH 5.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
225 mMBis-Tris propane-HCl1droppH7.5
30.2 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoirpH5.0
524 %PEG2000MME1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 1.5418
検出器日付: 2000年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.7 Å / Num. obs: 10955 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 32.439 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Rsym value: 0.107 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 71559 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / Num. unique obs: 809 / Num. measured obs: 4790 / Rmerge(I) obs: 0.107

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A7H

1a7h


解像度: 2.4→100 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: ALSO USED CCP4 PROGRAMS REFMAC, FFT, MAPMASK AND ARPP FOR SOME REFINEMENT ROUNDS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 844 7.4 %RANDOM
Rwork0.2159 ---
obs0.2159 10965 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: SHELL MODEL / Bsol: 49.795 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.904 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.521 Å2-6.423 Å20 Å2
2---1.521 Å20 Å2
3---3.042 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1468 0 0 90 1558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0093
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.388
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.107 819 -
obs--97.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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