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- PDB-1h8y: Crystal structure of the class D beta-lactamase OXA-13 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h8y
タイトルCrystal structure of the class D beta-lactamase OXA-13 in complex with meropenem
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / CLASS D / OXA-13 / MEROPENEM / ACYL- ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MER / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pernot, L. / Frenois, F. / Rybkine, T. / L'Hermite, G. / Petrella, S. / Delettre, J. / Jarlier, V. / Collatz, E. / Sougakoff, W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structures of the Class D B-Lactamase Oxa-13 in the Native Form and in Complex with Meropenem
著者: Pernot, L. / Frenois, F. / Rybkine, T. / L'Hermite, G. / Petrella, S. / Delettre, J. / Jarlier, V. / Collatz, E. / Sougakoff, W.
#1: ジャーナル: Microbiology / 年: 1998
タイトル: Carbapenemns as Inhibitors of Oxa-13, a Novel, Integron-Encoded B-Lactmase in Pseudomonas Aeruginosa
著者: Mugnier, P. / Podglajen, I. / Goldstein, F.W. / Collatz, E.
履歴
登録2001年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0568
ポリマ－54,9012
非ポリマー1,1556
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-65.9 kcal/mol
Surface area19990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.340, 112.300, 124.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.52696, -0.849699, -0.017997), (-0.849705, -0.527169, 0.009671), (-0.017705, 0.010196, -0.999791)
ベクター: 112.702, 199.64819, 125.6125)

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE / BETA-LACTAMASE OXA-13


分子量: 27450.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THERE IS AN ESTER LINK BETWEEN SER A 67 OG AND MER A 300 C7 AND BETWEEN SER B 67 OG AND MER B 300 C7
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAE391 / 遺伝子: BLA OXA-13 / プラスミド: PAZ304 / 遺伝子 (発現宿主): BLA OXA-13 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q51400, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-MER / (4R,5S)-3-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-4,5-d ihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Meropenem, bound form


分子量: 385.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST NINETEEN RESIDUES (MET1-ALA19) DESCRIBED IN THE SEQUENCE DEPOSITED IN THE DATABASE TREMBL ...THE FIRST NINETEEN RESIDUES (MET1-ALA19) DESCRIBED IN THE SEQUENCE DEPOSITED IN THE DATABASE TREMBL ARE NOT PRESENT IN THE MATURE PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 15-17% (W/V) PEG 4000, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 5.0-5.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, PROTEIN 12-15 MG/ML
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112-15 mg/mlprotein1drop
215-17 %(w/v)PEG40001reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir
40.2 Mlithium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 43003 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 87.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 265500
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
MOSFLMV. 6.0データ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE STARTING MODEL USED WAS THE ONE OF OXA-13

解像度: 2→30 Å / SU B: 3.94 / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.17
詳細: THE SIDE-CHAINS OF RESIDUES SER A 50, GLU A 199 AND SER B 50 HAVE ALTERNATE CONFORMATIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 2172 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-40758 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3870 0 72 324 4266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0240.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0250.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.0542
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.9813
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.7382
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.3563
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0280.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1830.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1830.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2660.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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