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- PDB-1h65: Crystal structure of pea Toc34 - a novel GTPase of the chloroplas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h65
タイトルCrystal structure of pea Toc34 - a novel GTPase of the chloroplast protein translocon
要素CHLOROPLAST OUTER ENVELOPE PROTEIN OEP34
キーワードGTPASE / CHLOROPLAST / TRANSLOCON
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast outer membrane / protein-transporting ATPase activity / intracellular protein transport / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Chloroplast protein import component Toc34 / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Translocase of chloroplast 34
類似検索 - 構成要素
生物種PISUM SATIVUM (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sun, Y.J. / Forouhar, F. / Li, H.M. / Tu, S.L. / Kao, S. / Shr, H.L. / Chou, C.C. / Hsiao, C.D.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Pea Toc34 - a Novel Gtpase of the Chloroplast Protein Translocon
著者: Sun, Y.J. / Forouhar, F. / Li, H.M. / Tu, S.L. / Yeh, Y.H. / Kao, S. / Shr, H.L. / Chou, C.C. / Chen, C. / Hsiao, C.D.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Identification of Two GTP-Binding Proteins in the Chloroplast Protein Import Machinery.
著者: Kessler, F. / Blobel, G. / Patel, H. / Schnell, D.
履歴
登録2001年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年6月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHLOROPLAST OUTER ENVELOPE PROTEIN OEP34
B: CHLOROPLAST OUTER ENVELOPE PROTEIN OEP34
C: CHLOROPLAST OUTER ENVELOPE PROTEIN OEP34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7229
ポリマ－89,3203
非ポリマー1,4036
水12,070670
1
A: CHLOROPLAST OUTER ENVELOPE PROTEIN OEP34
ヘテロ分子

A: CHLOROPLAST OUTER ENVELOPE PROTEIN OEP34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4826
ポリマ－59,5472
非ポリマー9354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
2
B: CHLOROPLAST OUTER ENVELOPE PROTEIN OEP34
C: CHLOROPLAST OUTER ENVELOPE PROTEIN OEP34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4826
ポリマ－59,5472
非ポリマー9354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)143.160, 78.673, 67.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2116-

HOH

21C-2117-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CHLOROPLAST OUTER ENVELOPE PROTEIN OEP34 / TOC34 / GTP-BINDING PROTEIN IAP34


分子量: 29773.318 Da / 分子数: 3 / 断片: GTP-BINDING DOMAIN RESIDUES 1-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONINE-INCORPORATED / 由来: (組換発現) PISUM SATIVUM (エンドウ) / 器官: LEAF / Variant: LITTLE MARVEL / プラスミド: PET21D-IAP34 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q41009
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 670 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE LAST SIX RESIDUES AT THE C-TERMINUS ARE THE CLONING ARTEFACT
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: THE TOC34 CRYSTALS WERE GROWN AT 4 DEGREES CELSIUS BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. A 2-MICROLITER SOLUTION (10 MG/ML IN 50 MM TRIS-HCL AT PH 8.0 AND 0.1 M NACL) WAS MIXED WITH A 2-MICROLITER ...詳細: THE TOC34 CRYSTALS WERE GROWN AT 4 DEGREES CELSIUS BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. A 2-MICROLITER SOLUTION (10 MG/ML IN 50 MM TRIS-HCL AT PH 8.0 AND 0.1 M NACL) WAS MIXED WITH A 2-MICROLITER RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 22% PEGMME 5K AND 10% GLYCEROL IN 0.1 M HEPES AT PH 6.5.
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH8.0
30.1 M1dropNaCl
422 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
510 %(v/v)glycerol1reservoir
60.1 MHEPES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 0.9796, 0.9794, 0.9680, 0.9802
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.97941
30.9681
40.98021
反射解像度: 2→31 Å / Num. obs: 50147 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 6.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
% possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DPSデータ削減
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→22.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2669990.65 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 7786 9.7 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.186 79906 80.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.11 Å20 Å2-1.7 Å2
2---3.1 Å20 Å2
3----4.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→22.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5890 0 87 670 6647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it11.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.972.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1010 10.1 %
Rwork0.229 8981 -
obs--60.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GDP.PARGDP.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 31 Å / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.97
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.254 / Rfactor obs: 0.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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