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- PDB-1h64: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SM-RELATED PROTEIN OF P. ABYSSI: THE BIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h64
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SM-RELATED PROTEIN OF P. ABYSSI: THE BIOLOGICAL UNIT IS A HEPTAMER
要素SNRNP SM-LIKE PROTEIN
キーワードSM-LIKE PROTEIN / SM FOLD / SPLICEOSOME / SNRNP CORE
機能・相同性
機能・相同性情報


pICln-Sm protein complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. ...snRNP Sm-like, putative, archaea / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative snRNP Sm-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS ABYSSI (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mayer, C. / Weeks, S. / Suck, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structures of the Pyrococcus Abyssi Sm Core and its Complex with RNA.Common Features of RNA Binding in Archaea and Eukarya
著者: Thore, S. / Mayer, C. / Sauter, C. / Weeks, S. / Suck, D.
履歴
登録2001年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS AA, BB, CC AND DD ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS AA, BB, CC AND DD ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 35-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 36-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. EACH SHEET INCORPORATES STRANDS FROM 7 CHAINS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
2: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
A: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
B: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
C: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
D: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
E: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
F: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
G: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
H: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
I: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
J: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
K: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
L: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
M: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
N: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
O: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
P: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
Q: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
R: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
S: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
T: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
U: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
V: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
W: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
X: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
Y: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
Z: SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,05328
ポリマ－238,05328
非ポリマー00
水24,1581341
1
A: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
B: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
C: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
D: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
E: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
F: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
G: SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5137
ポリマ－59,5137
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
H: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
I: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
J: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
K: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
L: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
M: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
N: SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5137
ポリマ－59,5137
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
O: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
P: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
Q: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
R: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
S: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
T: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
U: SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5137
ポリマ－59,5137
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
1: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
2: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
V: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
W: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
X: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
Y: SNRNP SM-LIKE PROTEIN
Z: SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5137
ポリマ－59,5137
非ポリマー00
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.330, 70.160, 116.010
Angle α, β, γ (deg.)90.21, 97.70, 107.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.96925, 0.01261, -0.24575), (0.17899, 0.64921, 0.73925), (0.16886, -0.76051, 0.62699)-0.37596, 0.08035, -0.33448
2given(0.89638, 0.20894, -0.39095), (0.42233, -0.13462, 0.89639), (0.13466, -0.96862, -0.20892)-0.56783, -0.12662, -0.69871
3given(0.81879, 0.47823, -0.31762), (0.56972, -0.74503, 0.34692), (-0.07073, -0.46501, -0.88248)-0.05814, -0.49562, -0.75696
4given(0.80922, 0.58455, -0.0588), (0.48869, -0.72528, -0.48492), (-0.32611, 0.36368, -0.87258)0.24709, -0.60208, -0.42474
5given(0.8861, 0.43019, 0.17251), (0.2365, -0.09956, -0.96652), (-0.39861, 0.89723, -0.18996)0.05949, -0.39274, -0.2481
6given(0.9649, 0.18106, 0.19024), (0.02259, 0.66446, -0.74698), (-0.26165, 0.72506, 0.63705)0.0832, -0.32161, -0.09558
7given(-0.86978, -0.47175, -0.14468), (-0.47349, 0.71541, 0.5138), (-0.13888, 0.5154, -0.84562)32.21937, 9.6713, -3.85095
8given(-0.95542, -0.21836, -0.19872), (-0.21803, 0.06798, 0.97357), (-0.19908, 0.9735, -0.11256)32.31208, 9.55253, -3.79621
9given(-0.99952, -0.01229, -0.02842), (-0.01182, -0.69682, 0.71715), (-0.02862, 0.71714, 0.69634)32.39779, 9.41643, -3.92335
10given(-0.97382, -0.01075, 0.22707), (0.0005, -0.99898, -0.04517), (0.22733, -0.04387, 0.97283)32.64457, 9.28878, -3.79961
11given(-0.90316, -0.18226, 0.3887), (-0.19716, -0.62819, -0.75267), (0.38136, -0.75641, 0.53142)33.00585, 9.1211, -3.99005
12given(-0.82769, -0.45709, 0.32558), (-0.43457, 0.15496, -0.88721), (0.35508, -0.87582, -0.3269)32.60447, 9.28136, -4.38224
13given(-0.81137, -0.57338, 0.11364), (-0.57787, 0.75755, -0.30362), (0.088, -0.31202, -0.94599)32.16336, 9.5934, -3.8579
14given(1, 0.00165, 0.00175), (-0.00181, 0.99558, 0.09388), (-0.00159, -0.09388, 0.99558)-18.36445, 30.76265, 57.44737
15given(0.96771, 0.00214, -0.25207), (0.20419, 0.57971, 0.78882), (0.14782, -0.81482, 0.56055)-18.9376, 30.69783, 57.37962
16given(0.89117, 0.21695, -0.39844), (0.44226, -0.21969, 0.86956), (0.10112, -0.95114, -0.29173)-18.85553, 30.50577, 57.13132
17given(0.81366, 0.48484, -0.32075), (0.56802, -0.78049, 0.26115), (-0.12373, -0.39468, -0.91045)-18.34481, 30.33066, 57.18863
18given(0.80712, 0.58742, -0.05912), (0.46147, -0.69016, -0.55743), (-0.36824, 0.42263, -0.82812)-18.14046, 30.27676, 57.33345
19given(0.88462, 0.43186, 0.17592), (0.20531, -0.02197, -0.97845), (-0.41869, 0.90167, -0.1081)-18.35195, 30.49455, 57.39023
20given(0.96529, 0.18927, 0.18), (-0.01283, 0.72266, -0.69108), (-0.26088, 0.66478, 0.7)-18.14865, 30.72323, 57.45023
21given(-0.8677, -0.4744, -0.14847), (-0.48854, 0.75869, 0.43096), (-0.0918, 0.44648, -0.89007)13.77357, 40.27015, 53.05895
22given(-0.95407, -0.21916, -0.20424), (-0.24357, 0.17055, 0.95477), (-0.17442, 0.96067, -0.2161)13.95538, 40.40304, 53.33085
23given(-0.99916, -0.02658, -0.03105), (-0.00784, -0.62094, 0.78382), (-0.04012, 0.78341, 0.62021)13.82181, 39.87647, 53.50316
24given(-0.9772, -0.00085, 0.21233), (0.00718, -0.99955, 0.02902), (0.21221, 0.02988, 0.97677)14.44118, 39.84622, 53.32084
25given(-0.90915, -0.16566, 0.38211), (-0.17158, -0.68703, -0.70608), (0.3795, -0.70749, 0.59619)14.97204, 39.42363, 53.2173
26given(-0.82628, -0.46017, 0.32482), (-0.40895, 0.09355, -0.90775), (0.38733, -0.88289, -0.26548)14.16877, 39.7438, 52.69448
27given(-0.80735, -0.57988, 0.1092), (-0.57333, 0.72713, -0.37759), (0.13956, -0.36745, -0.91951)13.63387, 39.97965, 53.15086

-
要素

#1: タンパク質 ...
SNRNP SM-LIKE PROTEIN


分子量: 8501.899 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS ABYSSI (古細菌) / 解説: GENOMIC DNA / プラスミド: PET24D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9V0Y8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: MPD, MAGNESIUM ACETATE, pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
127-29 %MPD1reservoir
2150 mMmagnesium acetate1reservoir
350 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44 Å / Num. obs: 156432 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 95.2
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 156396 / % possible obs: 96.2 % / Num. measured all: 386356
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 % / Mean I/σ(I) obs: 7.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODELLED HEPTAMER

解像度: 1.9→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 7850 5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 156396 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å2-0.85 Å20.64 Å2
2---0.77 Å2-0.44 Å2
3----0.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15820 0 0 1341 17161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.71.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.432.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 781 0.053 %
Rwork0.274 14686 -
obs--95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.282
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78
LS精密化 シェル
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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