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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h5v | |||||||||
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タイトル | Thiopentasaccharide complex of the endoglucanase Cel5A from Bacillus agaradharens at 1.1 A resolution in the tetragonal crystal form | |||||||||
要素 | ENDOGLUCANASE 5A | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / CELLULASE / ENDOGLUCANASE / THIOOLIGOSACCHARIDE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Varrot, A. / Sulzenbacher, G. / Schulein, M. / Driguez, H. / Davies, G.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Atomic Resolution Structure of Endoglucanase Cel5A in Complex with Methyl 4,4II,4III,4Iv-Tetrathio-Alpha-Cellopentoside Highlights the Alternative Binding Modes Targeted by Substrate Mimics 著者: Varrot, A. / Schulein, M. / Fruchard, S. / Driguez, H. / Davies, G.J. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h5v.cif.gz | 164.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h5v.ent.gz | 127.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/1h5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/1h5v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1qhzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34118.168 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN RESIDUES 27-331 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア) プラスミド: THERMAMYL-AMYLASE PROMOT / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株 (発現宿主): PL2306 / 参照: UniProt: O85465, cellulase | ||||||
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-1,4-dithio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-1,4-dithio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 4-thio-alpha-D-glucopyranoside タイプ: oligosaccharide / 分子量: 923.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FIRST 26 RESIDUES IN THE DATABASE CORRESPOND TO THE PROSEQUENCE. OUR NUMBERING BEGINS AT THE ...THE FIRST 26 RESIDUES IN THE DATABASE CORRESPOND | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: PROTEIN (20MGML-1) WAS CRYSTALLISED FROM 28% PEG400 AS PRECIPITANT, 100MM HEPES AT PH 7.0 AS BUFFER AND 200 MM CACL2. THE PROTEIN WAS INCUBATED WITH THE 1MM OF SUBSTRATE FOR AN HOUR PRIOR TO COCRYSTALLISATIOM | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2000年3月15日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND(111)GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 155682 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.1 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 3.6 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QHZ 解像度: 1.1→20 Å / SU B: 0.72227 / SU ML: 0.01778 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.03223 / 詳細: THE FIRST THREE RESIDUES DUE TO DISORD
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.12 / Rfactor Rfree: 0.138 / Rfactor Rwork: 0.12 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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