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- PDB-1h5q: Mannitol dehydrogenase from Agaricus bisporus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h5q
タイトルMannitol dehydrogenase from Agaricus bisporus
要素NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / MANNITOL METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


mannitol 2-dehydrogenase (NADP+) / mannitol 2-dehydrogenase (NADP+) activity / mannitol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor / NADP binding / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NICKEL (II) ION / NADP-dependent mannitol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種AGARICUS BISPORUS (セイヨウマツタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Horer, S. / Stoop, J. / Mooibroek, H. / Baumann, U. / Sassoon, J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: The Crystallographic Structure of the Mannitol 2-Dehydrogenase Nadp+ Binary Complex from Agaricus Bisporus
著者: Horer, S. / Stoop, J. / Mooibroek, H. / Baumann, U. / Sassoon, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Mannitol Dehydrogenase (Mtdh) from the Common Mushroom Agaricus Bisporus
著者: Sassoon, J. / Horer, S. / Stoop, J. / Mooibroek, H. / Baumann, U.
履歴
登録2001年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
B: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
C: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
D: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
E: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
F: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
G: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
H: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
I: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
J: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
K: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
L: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,12830
ポリマ－338,85512
非ポリマー9,27318
水57,4863191
1
A: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
B: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
C: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
D: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,04310
ポリマ－112,9524
非ポリマー3,0916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
F: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
G: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
H: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,04310
ポリマ－112,9524
非ポリマー3,0916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
I: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
J: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
K: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
L: NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,04310
ポリマ－112,9524
非ポリマー3,0916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)227.250, 124.850, 132.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.80324, 0.04937, 0.5936), (0.04647, -0.99872, 0.02019), (0.59384, 0.01137, -0.80451)-60.14751, 17.01104, 181.15178
2given(-0.91392, -0.33039, -0.2358), (-0.32648, 0.25315, 0.91068), (-0.24119, 0.90926, -0.33922)47.99002, -83.88606, 132.90018
3given(-0.89258, 0.28329, -0.35079), (0.28335, -0.25275, -0.92511), (-0.35073, -0.92513, 0.14533)53.69613, 105.51811, 101.60969
4given(0.99872, 0.04614, 0.02094), (-0.04887, 0.98632, 0.15742), (-0.01339, -0.15824, 0.98731)37.69871, -14.36648, -51.37036
5given(37.698711, -14.36648, -51.370361), (0.10102, -0.98519, -0.13854), (0.56673, 0.17144, -0.80587)-17.63614, 34.10699, 125.67982
6given(-0.9311, -0.30042, -0.20689), (-0.32226, 0.41174, 0.85242), (-0.1709, 0.86036, -0.48018)85.20172, -78.11904, 92.80707
7given(85.201721, -78.119041, 92.807068), (0.26545, -0.40771, -0.87367), (-0.38176, -0.87657, 0.29307)98.15092, 103.18123, 31.70274
8given(-0.869, -0.22454, -0.44092), (-0.26093, -0.54918, 0.79393), (-0.42042, 0.80497, 0.41865)45.85154, -63.66961, -15.39087
9given(-0.96993, 0.17071, -0.17348), (0.23957, 0.544, -0.80416), (-0.0429, -0.82154, -0.56854)15.22307, 86.40319, 99.03665
10given(0.97547, -0.15926, 0.15194), (0.21997, 0.6802, -0.69924), (0.00802, 0.71551, 0.69855)-35.90855, 74.39508, -48.20399
11given(0.86338, 0.21575, 0.4561), (-0.20097, -0.68211, 0.70309), (0.4628, -0.69869, -0.54556)-69.95991, -53.67241, 90.09476

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要素

#1: タンパク質
NADP-DEPENDENT MANNITOL DEHYDROGENASE / MTDH / MANNITOL 2-DEHYDROGENASE [NADP+]


分子量: 28237.947 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AGARICUS BISPORUS (セイヨウマツタケ)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O93868, mannitol 2-dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 90 MM TRIS-HCL PH 7.5, 18% PEG4000, 9% ISOPROPANOL
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110-20 mg/mlprotein1drop
21 mMNADP1drop
390 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
418 %PEG40001reservoir
59 %isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.8
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40 Å / Num. obs: 508943 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / Num. unique obs: 173816

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CYD

1cyd


解像度: 1.5→20 Å / SU B: 1.45 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.07 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 5112 1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 503641 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23424 0 582 3191 27197
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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