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万見
- PDB-1h4j: Methylobacterium extorquens methanol dehydrogenase D303E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h4j
タイトルMethylobacterium extorquens methanol dehydrogenase D303E mutant
要素
  • Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
  • Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / QUINOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family ...Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Methanol Dehydrogenase; Chain B / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit / Methanol dehydrogenase, beta subunit superfamily / Methanol dehydrogenase beta subunit / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Glucose/ethanol/alcohol dehydrogenase, beta-propeller domain / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 / Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacterium extorquens (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mohammed, F. / Gill, R. / Thompson, D. / Cooper, J.B. / Wood, S.P. / Afolabi, P.R. / Anthony, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Site-Directed Mutagenesis and X-Ray Crystallography of the Pqq-Containing Quinoprotein Methanol Dehydrogenase and its Electron Acceptor, Cytochrome C(L)(,)
著者: Afolabi, P.R. / Mohammed, F. / Amaratunga, K. / Majekodunmi, O. / Dales, S.L. / Gill, R. / Thompson, D. / Cooper, J.B. / Wood, S.P. / Goodwin, P.M. / Anthony, C.
履歴
登録2001年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年9月19日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.page_last / _entity.pdbx_description ..._citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.align_id
改定 1.42024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
B: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
C: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
D: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
E: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
F: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
G: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
H: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,92716
ポリマ－297,4468
非ポリマー1,4818
水00
1
A: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
B: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
C: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
D: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,4648
ポリマ－148,7234
非ポリマー7414
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13180 Å2
ΔGint-69.2 kcal/mol
Surface area50850 Å2
手法PQS
2
E: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
F: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
G: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1
H: Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,4648
ポリマ－148,7234
非ポリマー7414
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13450 Å2
ΔGint-71.5 kcal/mol
Surface area50830 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.850, 61.020, 212.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 1 / MDH large subunit alpha / MEDH


分子量: 65880.859 Da / 分子数: 4 / 変異: D303E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (バクテリア)
遺伝子: moxF, mxaF, MexAM1_META1p4538 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16027, methanol dehydrogenase (cytochrome c)
#2: タンパク質
Methanol dehydrogenase [cytochrome c] subunit 2 / MDH small subunit beta / MDH-associated peptide / MEDH


分子量: 8480.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PYRROLO-QUINOLINE QUINONE PROSTHETIC GROUP WITH ACTIVE SITE CALCIUM IONS
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (バクテリア)
遺伝子: moxI, mxaI, MexAM1_META1p4535 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14775, methanol dehydrogenase (cytochrome c)
#3: 化合物
ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
構成要素の詳細CHAIN A, C, E, G ENGINEERED MUTATION ASP303GLU
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 %
結晶化pH: 9.5 / 詳細: pH 9.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 9.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114.5 %PEG60001reservoir
220 mMTris-HCl1reservoir
310 mM1reservoirCaCl2
420 mg/mlprotein1drop
55 mMTris1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 48502 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 81.4
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 134792
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD-TYPE STRUCTURE

解像度: 3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2385 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 45246 91.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20808 0 100 0 20908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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