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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h4j | ||||||
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タイトル | Methylobacterium extorquens methanol dehydrogenase D303E mutant | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / DEHYDROGENASE / QUINOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / methanol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / calcium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mohammed, F. / Gill, R. / Thompson, D. / Cooper, J.B. / Wood, S.P. / Afolabi, P.R. / Anthony, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Site-Directed Mutagenesis and X-Ray Crystallography of the Pqq-Containing Quinoprotein Methanol Dehydrogenase and its Electron Acceptor, Cytochrome C(L)(,) 著者: Afolabi, P.R. / Mohammed, F. / Amaratunga, K. / Majekodunmi, O. / Dales, S.L. / Gill, R. / Thompson, D. / Cooper, J.B. / Wood, S.P. / Goodwin, P.M. / Anthony, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 500.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 410.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 95.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 124.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65880.859 Da / 分子数: 4 / 変異: D303E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: moxF, mxaF, MexAM1_META1p4538 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P16027, methanol dehydrogenase (cytochrome c) #2: タンパク質 | 分子量: 8480.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PYRROLO-QUINOLINE QUINONE PROSTHETIC GROUP WITH ACTIVE SITE CALCIUM IONS 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: moxI, mxaI, MexAM1_META1p4535 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P14775, methanol dehydrogenase (cytochrome c) #3: 化合物 | ChemComp-PQQ / #4: 化合物 | ChemComp-CA / 構成要素の詳細 | CHAIN A, C, E, G ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9.5 / 詳細: pH 9.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 9.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 48502 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 81.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 134792 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 81.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: WILD-TYPE STRUCTURE 解像度: 3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |