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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h4i | ||||||
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タイトル | Methylobacterium extorquens methanol dehydrogenase | ||||||
要素 |
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キーワード | DEHYDROGENASE / QUINOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (cytochrome c(L)) activity / methanol dehydrogenase (cytochrome c) / methanol oxidation / methanol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / calcium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | METHYLOBACTERIUM EXTORQUENS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Ghosh, M. / Anthony, C. / Harlos, K. / Goodwin, M.G. / Blake, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: The Refined Structure of the Quinoprotein Methanol Dehydrogenase from Methylobacterium Extorquens at 1.94 A. 著者: Ghosh, M. / Anthony, C. / Harlos, K. / Goodwin, M.G. / Blake, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h4i.cif.gz | 256.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h4i.ent.gz | 217.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h4i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h4i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65866.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) METHYLOBACTERIUM EXTORQUENS (バクテリア) 参照: UniProt: P16027 #2: タンパク質 | 分子量: 8480.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: PYRROLO-QUINOLINE QUINONE PROSTHETIC GROUP WITH ACTIVE SITE CALCIUM IONS 由来: (天然) METHYLOBACTERIUM EXTORQUENS (バクテリア) 参照: UniProt: P14775, EC: 1.1.99.8 #3: 化合物 | #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 % |
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: pH 9.00 |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Ghosh, M., (1992) J. Mol. Biol., 228, 302. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→20 Å / Num. obs: 91350 / % possible obs: 86 % / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.94→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |