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万見
- PDB-1h3l: N-terminal fragment of SigR from Streptomyces coelicolor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h3l
タイトルN-terminal fragment of SigR from Streptomyces coelicolor
要素RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / response to oxidative stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-70, actinobacteria / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain ...RNA polymerase sigma-70, actinobacteria / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ECF RNA polymerase sigma factor SigR / ECF RNA polymerase sigma factor SigR
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.375 Å
データ登録者Li, W. / Stevenson, C.E.M. / Burton, N. / Jakimowicz, P. / Paget, M.S.B. / Buttner, M.J. / Lawson, D.M. / Kleanthous, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Identification and Structure of the Anti-Sigma Factor-Binding Domain of the Disulfide-Stress Regulated Sigma Factor Sigma(R) from Streptomyces Coelicolor
著者: Li, W. / Stevenson, C.E.M. / Burton, N. / Jakimowicz, P. / Paget, M.S.B. / Buttner, M.J. / Lawson, D.M. / Kleanthous, C.
履歴
登録2002年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR
B: RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3152
ポリマ－20,3152
非ポリマー00
水1267
1
A: RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1571
ポリマ－10,1571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1571
ポリマ－10,1571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.546, 71.546, 102.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.23955, -0.43961, -0.86566), (-0.42144, 0.75615, -0.50062), (0.87465, 0.48474, -0.00413)
ベクター: 48.22181, 47.8491, 3.70409)

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要素

#1: タンパク質 RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR / SIGR / SCO5216 / SC7E4.13


分子量: 10157.266 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 23-109 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR A3(2) (バクテリア)
株: M145 / プラスミド: PET15B-SIGR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O87834, UniProt: Q7AKG9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FRAGMENT PRODUCED BY PROTEOLYSIS OF THE FULL-LENGTH PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 10-15%(W/V) PEG 8000 IN 100MM TRIS-HCL PH8.5, pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210-15 %(w/v)PEG80001reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.5
41 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.782
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 12713 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
% possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.4 % / Rmerge(I) obs: 0.142

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.375→40 Å / SU B: 6.545 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.216
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27823 618 5 %RANDOM
Rwork0.2584 ---
obs0.25939 12713 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-0.07 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.375→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1244 0 0 7 1251
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.258
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.44
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.204
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.375 Å / 最低解像度: 2.436 Å / Rfactor Rfree: 0.346 / Rfactor Rwork: 0.287 / Num. reflection Rwork: 842 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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