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万見
- PDB-1h3h: Structural Basis for Specific Recognition of an RxxK-containing S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h3h
タイトルStructural Basis for Specific Recognition of an RxxK-containing SLP-76 peptide by the Gads C-terminal SH3 domain
要素
  • GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
  • LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN-BINDING / COMPLEX (SH3-PEPTIDE) / T-CELL SIGNALING / SH3 DOMAIN / SH2 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TCR signalosome / FLT3 Signaling / Co-stimulation by CD28 / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / mast cell activation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / DAP12 signaling / positive regulation of protein kinase activity ...TCR signalosome / FLT3 Signaling / Co-stimulation by CD28 / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by SCF-KIT / Generation of second messenger molecules / mast cell activation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / DAP12 signaling / positive regulation of protein kinase activity / Generation of second messenger molecules / plasma membrane raft / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated Ca+2 mobilization / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / DAP12 signaling / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / endosome / intracellular signal transduction / immune response / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GRAP2, C-terminal SH3 domain / : / Grb2-like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 Domains / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 domain / SH2 domain ...GRAP2, C-terminal SH3 domain / : / Grb2-like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 Domains / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GRB2-related adaptor protein 2 / Lymphocyte cytosolic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / MDSA
データ登録者Liu, Q. / Berry, D. / Nash, P. / Pawson, T. / McGlade, C.J. / Li, S.S.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Structural Basis for Specific Binding of the Gads SH3 Domain to an Rxxk Motif-Containing Slp-76 Peptide: A Novel Mode of Peptide Recognition
著者: Liu, Q. / Berry, D. / Nash, P. / Pawson, T. / Mcglade, C.J. / Li, S.S.
#1: ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2002
タイトル: A High-Affinity Arg-X-X-Lys SH3 Binding Motif Confers Specificity for the Interaction between Gads and Slp-76 in T-Cell Signaling
著者: Berry, D. / Nash, P. / Liu, S. / Pawson, T. / Mcglade, C.
履歴
登録2002年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
B: LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0932
ポリマ－8,0932
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2 / GADS PROTEIN / GRBLG / GRB2L


分子量: 6948.813 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL SH3 DOMAIN, RESIDUES 263-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: T-LYMPHOCYTE / プラスミド: PGEX-2TK / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O89100
#2: タンパク質・ペプチド LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2 / SLP-76


分子量: 1144.279 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 226-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PAED4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13094
構成要素の詳細GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2: CHAIN A REGULATES NF-AT ACTIVATION BY INTERACTING WITH SLP-76. ...GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2: CHAIN A REGULATES NF-AT ACTIVATION BY INTERACTING WITH SLP-76. CONTAINS 1 SH2 DOMAIN AND 1 SH3 DOMAIN. LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2: CHAIN B T CELL ANTIGEN RECEPTOR MEDIATED SIGNALING. INTERACTS WITH ADAPTER PROTEINS GRB2 AND FYB.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HN(CA)CB
121CBCA(CO)NH
131HCC(CO)NH
141CC(CO)NH
151HBCB(CRCD)HD
161HBCB(CRCDCE)HE
171(H)CCH-TOCSY
181HNHA
19115N/13C-EDITED NOESY
1101HALF-FIL 15N/13C-EDITED NOESY
11111H/13C-HSQC
11211
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C,15N-LABLED GADS C-TERMINAL SH3 DOMAIN AND SLP-76 PEPTIDE.

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試料調製

試料状態イオン強度: 100MM NACL, 50MM SODIUM PHOSPHATE / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 285 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン分類
ARIA1精密化
ARIA1構造決定
精密化手法: MDSA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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