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万見
- PDB-1h3e: Tyrosyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h3e
タイトルTyrosyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus complexed with wild-type tRNAtyr(GUA) and with ATP and tyrosinol
要素
  • TYROSYL-TRNA SYNTHETASE
  • WILD-TYPE TRNATYR(GUA)
キーワードLIGASE / CLASS I AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE: ATP + L-TYROSINE + TRNA(TYR) -> AMP + PPI + L-TYROSYL-TRNA(TYR)
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 2 / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs ...Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 2 / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / RNA-binding S4 domain / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / RNA-binding S4 domain superfamily / Roll / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]phenol / RNA / RNA (> 10) / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cusack, S. / Yaremchuk, A. / Kriklivyi, I. / Tukalo, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Class I Tyrosyl-tRNA Synthetase Has a Class II Mode or tRNA Recognition
著者: Yaremchuk, A. / Kriklivyi, I. / Tukalo, M. / Cusack, S.
履歴
登録2002年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22015年8月19日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type
改定 1.42019年10月30日Group: Data collection / Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE
B: WILD-TYPE TRNATYR(GUA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1704
ポリマ－76,4962
非ポリマー6742
水23413
1
A: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE
B: WILD-TYPE TRNATYR(GUA)
ヘテロ分子

A: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE
B: WILD-TYPE TRNATYR(GUA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,3408
ポリマ－152,9914
非ポリマー1,3494
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_646y+1,x-1,-z+11
Buried area14440 Å2
ΔGint-110.8 kcal/mol
Surface area55830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.525, 129.525, 109.451
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細THE TETRAMER IS ACTUALLY A DIMER OF CHAIN A, EACH ASSOCIATED WITH A MOLECULE OF CHAIN B GIVING RISE TO A TETRAMERIC STATE

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要素

#1: タンパク質 TYROSYL-TRNA SYNTHETASE / TYROSINE--TRNA LIGASE


分子量: 48786.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83453, tyrosine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 WILD-TYPE TRNATYR(GUA)


分子量: 27709.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-TYE / 4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]phenol / tyrosinol / bound form of TYROSINAL / L-チロシノ-ル


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 167.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYTIC ACTIVITY: ATP + L-TYROSINE + TRNA(TYR) = AMP + DIPHOSPHATE + L-TYROSYL-TRNA(TYR). ...CATALYTIC ACTIVITY: ATP + L-TYROSINE + TRNA(TYR) = AMP + DIPHOSPHATE + L-TYROSYL-TRNA(TYR). ALTHOUGH THIS PROTEIN IS A CLASS I AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE, IT DISPLAYS A CLASS II MODE OF TRNA RECOGNITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化pH: 7
詳細: DROP: 5MG/ML TYRRSTT+TRNA(TYR)WITH 5MM TYROSINOL, 10MM MGCL2, 10MM ATP, 50MM HEPES (PH7.0), 0.8M AMMONIUM SULPHATE. RESERVOIR: 1.5-1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES (PH7.0)., pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→23 Å / Num. obs: 22669 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 115.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 63.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: T. THERMOPHILUS TYROSYL-TRNA SYNTHETASE PREVIOUSLY DETERMINED BY SIRAS BY SAME AUTHORS

解像度: 2.9→22.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1216869.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BASES OF TRNA NUCLEOTIDES 16,20,474, 74 OMITTED: NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY. UNIDENTIFIED MODIFIED BASES IN THE TRNA(E.G ADE-37 IN CHAIN B) HAVE NOT BEEN MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1149 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 22644 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.8415 Å2 / ksol: 0.337167 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 77.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.06 Å222.22 Å20 Å2
2--10.06 Å20 Å2
3----20.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→22.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3403 1762 43 13 5221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.353
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.154
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 155 5.3 %
Rwork0.367 2774 -
obs--74.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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