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- PDB-1h34: Crystal structure of lima bean trypsin inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h34
タイトルCrystal structure of lima bean trypsin inhibitor
要素BOWMAN-BIRK TYPE PROTEINASE INHIBITOR
キーワードINHIBITOR / BOWMAN-BIRK-TYPE PROTEINASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bowman-Birk type proteinase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種PHASEOLUS LUNATUS (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Bunkoczi, G. / Girmann, B. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: In-House Phase Determination of the Lima Bean Trypsin Inhibitor: A Low-Resolution Sulfur-Sad Case
著者: Debreczeni, J.E. / Bunkoczi, G. / Girmann, B. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2002年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOWMAN-BIRK TYPE PROTEINASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0441
ポリマ－9,0441
非ポリマー00
水1,40578
1
A: BOWMAN-BIRK TYPE PROTEINASE INHIBITOR

A: BOWMAN-BIRK TYPE PROTEINASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0882
ポリマ－18,0882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555-x+1/2,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.157, 109.157, 109.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

HOH

21A-2015-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BOWMAN-BIRK TYPE PROTEINASE INHIBITOR


分子量: 9043.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PHASEOLUS LUNATUS (インゲン) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P01056
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BELONGS TO THE BOWMAN-BIRK SERINE PROTEASE INHIBITOR FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.5 % / 解説: PHASED USING IN-HOUSE SULFUR-SAD DATA
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.6 M K,NA-TARTRATE, 0.1 M HEPES PH 7.5
結晶化
*PLUS
pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.6 Mpotassium sodium tartrate tetrahydrate1reservoir
30.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8431
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8431 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→77.19 Å / Num. obs: 13776 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.33 % / Rmerge(I) obs: 0.0567 / Net I/σ(I): 12.43
反射 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 3.08 % / Rmerge(I) obs: 0.2975 / Mean I/σ(I) obs: 3.58 / % possible all: 96.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.05 Å / 冗長度: 6.3 % / Num. measured all: 88491 / Rmerge(I) obs: 0.0567
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.05 Å / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.04→10 Å / Num. parameters: 2007 / Num. restraintsaints: 1747 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: THE FIRST 15 AND THE LAST 11 RESIDUES ARE NOT VISIBLE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2753 676 5 %RANDOM
all0.2529 13638 --
obs0.2534 -98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 500.83
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数424 0 0 78 502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0315
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.2302 / 最高解像度: 2.05 Å / 最低解像度: 77.19 Å / Rfactor Rfree: 0.2497
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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