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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h21 | |||||||||
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タイトル | A novel iron centre in the split-Soret cytochrome c from Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 | |||||||||
![]() | SPLIT-SORET CYTOCHROME C | |||||||||
![]() | CYTOCHROME / DIMERIC DI-HEME CYTOCHROME / STACKED HEME ARRANGEMENT / NOVEL FOLD / NOVEL IRON-SULFUR CENTRE / ELECTRON TRANSPORT / SULFATE RESPIRATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Abreu, I.A. / Lourenco, A.I. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Coelho, A.V. / Matias, P.M. / Pinto, D.M. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Saraiva, L.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A Novel Iron Centre in the Split-Soret Cytochrome C from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 著者: Abreu, I.A. / Lourenco, A.I. / Xavier, A.V. / Legall, J. / Coelho, A.V. / Matias, P.M. / Pinto, D.M. / Armenia Carrondo, M. / Teixeira, M. / Saraiva, L.M. #1: ![]() タイトル: A Preliminary Analysis of the Three Dimensional Structure of Dimeric Di-Haem Split-Soret Cytochrome C from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 at 2.5 A Resolution Using the MAD ...タイトル: A Preliminary Analysis of the Three Dimensional Structure of Dimeric Di-Haem Split-Soret Cytochrome C from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 at 2.5 A Resolution Using the MAD Phasing Method: A Novel Cytochrome Fold with a Stacked Haem Arrangement 著者: Matias, P.M. / Morais, J. / Coelho, A.V. / Meijers, R. / Gonzalez, A. / Thompson, A.W. / Sieker, L. / Legall, J. / Carrondo, M.A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 197.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26939.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P81040 #2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GENBANK ENTRY AF465622 IS ON HOLD PENDING MANUSCRIPT ACCEPTANCE FOR PUBLICATION. SEQADV RECORDS ...GENBANK ENTRY AF465622 IS ON HOLD PENDING MANUSCRIPT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM A SOLUTION CONTAINING 0.1-0.2 % (W/V) AGAROSE IN 12-15 % PEG 8K, 0.1M SODIUM ACETATE BUFFER PH 5.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Matias, P.M., (1997) J.Biol.Inorg.Chem., 2, 507. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.7401 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 34228 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / % possible all: 86 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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拘束条件 | *PLUS
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