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- PDB-1gzj: Structure of Thermoascus aurantiacus family 5 endoglucanase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gzj
タイトルStructure of Thermoascus aurantiacus family 5 endoglucanase
要素EGI
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / FAMILY 5
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan catabolic process / cellulase / cellulase activity
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermoascus aurantiacus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Lo Leggio, L. / Pickersgill, R.W. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002
タイトル: The 1.62 A Structure of Thermoascus Aurantiacus Endoglucanase: Completing the Structural Picture of Subfamilies in Glycoside Hydrolase Family 5
著者: Lo Leggio, L. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminaryx-Ray Analysis of the Major Endoglucanase from Thermoascus Aurantiacus
著者: Loleggio, L. / Parry, N.J. / Van Beeumen, J. / Claeyssens, M. / Bhat, M.W. / Pickersgill, R.W.
履歴
登録2002年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" AND "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" AND "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY 9-STRANDED BARRELS THESE ARE REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EGI
B: EGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3172
ポリマ－67,3172
非ポリマー00
水7,008389
1
A: EGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6581
ポリマ－33,6581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: EGI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6581
ポリマ－33,6581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.510, 85.850, 89.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98219, 0.17473, 0.069144), (0.17639, 0.98414, 0.018609), (-0.64797, 0.30474, -0.99743)
ベクター: 38.002, -4.092, 42.089)

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要素

#1: タンパク質 EGI / Endoglucanase / ENDO TYPE CELLULASE ENGI


分子量: 33658.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 参照: UniProt: Q8TG26, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
解説: DUE TO LOW COMPLETENESS AT LOW RESOLUTION, THE MISSING LOW RESOLUTION REFLECTIONS WERE 'REFILLED' WITH DATA FROM AN IN HOUSE COLLECTION AFTER THE TWO DATA SETS WERE SCALED TOGETHER. THE ...解説: DUE TO LOW COMPLETENESS AT LOW RESOLUTION, THE MISSING LOW RESOLUTION REFLECTIONS WERE 'REFILLED' WITH DATA FROM AN IN HOUSE COLLECTION AFTER THE TWO DATA SETS WERE SCALED TOGETHER. THE STATISTICS REPORTED REFER TO THE SYNCHROTRON DATA SET. AFTER REFILLING THE OVERALL COMPLETENESS WAS 88.5% (99.2% BETWEEN 35 AND 5 A RESOLUTION)
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: HANGING DROP CONSISTING OF 2 UL OF PROTEIN (31.2 MG/ML) AND 2 UL RESERVOIR (0.1 M TRIS-HCL PH9.0, 1.6 M AMMONIUM SULPHATE), pH 9.00
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Loleggio, L., (1997) Acta Crystallogr.,Sect.D, 53, 599.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112.3 mg/mlprotein1drop
20.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5
32.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→35.35 Å / Num. obs: 60922 / % possible obs: 81.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
Agrovataデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
SHARP位相決定
ARP位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.62→34.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2374111.56 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 6796 10.1 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.159 67019 88.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.3663 Å2 / ksol: 0.328418 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.07 Å20 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3----1.91 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→34.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4746 0 0 389 5135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.592.5
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1062 10.3 %
Rwork0.193 9295 -
obs--83.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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