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- PDB-1gz0: 23S RIBOSOMAL RNA G2251 2'O-METHYLTRANSFERASE RLMB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gz0
タイトル23S RIBOSOMAL RNA G2251 2'O-METHYLTRANSFERASE RLMB
要素HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / 2'O-METHYLTRANSFERASE / KNOT / MONTREAL- KINGSTON BACTERIAL STRUCTURAL GENOMICS INITIATIVE / BSGI / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (guanosine2251-2'-O)-methyltransferase / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA processing / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase TrmH family / 23S rRNA (guanosine-2-O-)-methyltransferase RlmB / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot ...RNA methyltransferase TrmH family / 23S rRNA (guanosine-2-O-)-methyltransferase RlmB / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase RlmB / 23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase RlmB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Michel, G. / Cygler, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The Structure of the Rlmb 23S Rrna Methyltransferase Reveals a New Methyltransferase Fold with a Unique Knot
著者: Michel, G. / Sauve, V. / Larocque, R. / Li, Y. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2002年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
B: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
C: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
D: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
E: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
F: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
G: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
H: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,5598
ポリマ－223,5598
非ポリマー00
水3,189177
1
A: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
F: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8902
ポリマ－55,8902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
G: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8902
ポリマ－55,8902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
H: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8902
ポリマ－55,8902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH
E: HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8902
ポリマ－55,8902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.478, 132.288, 90.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
HYPOTHETICAL TRNA/RRNA METHYLTRANSFERASE YJFH / METHYLTRANSFERASE


分子量: 27944.881 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: MC1061 P3 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41(DE3)
参照: UniProt: P39290, UniProt: P63177*PLUS, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細HIS-TAG, SELEMETHIONYL PROTEIN. THE RESIDUES NUMBERED FROM -10 TO -1 CORRESPOND TO THE PURIFICATION TAG
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.249 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PEG400, TRIS-HCL, pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
112 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH8.5
3500 mM1dropNaCl
45 %(w/v)glycerol1drop
55 mMdithiothreitol1drop
615 %(v/v)PEG4001reservoir
750 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
8440 mMammonium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47 Å / Num. obs: 286761 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.06 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 47 Å / Num. obs: 70653 / 冗長度: 4.06 % / Num. measured all: 286761 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.371

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→46.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1925218.7 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 3587 5.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 70381 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.7186 Å2 / ksol: 0.334869 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.95 Å20 Å21.01 Å2
2--5.03 Å20 Å2
3---0.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13776 0 0 177 13953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 578 5 %
Rwork0.287 11020 -
obs--98.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 47 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0084
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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