[日本語] English
万見
- PDB-1gyw: Gamma-adaptin appendage domain from clathrin adaptor AP1 A753D mutant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gyw
タイトルGamma-adaptin appendage domain from clathrin adaptor AP1 A753D mutant
要素ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 1 GAMMA 1 SUBUNIT
キーワードENDOCYTOSIS / ADAPTOR / COATED PITS
機能・相同性
機能・相同性情報


basolateral protein secretion / AP-1 adaptor complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / melanosome assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation / clathrin-coated vesicle / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit ...basolateral protein secretion / AP-1 adaptor complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / platelet dense granule organization / melanosome assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation / clathrin-coated vesicle / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / presynapse / early endosome / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / : / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region ...Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Adaptor protein complex AP-1, gamma subunit / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / : / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-1 complex subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Evans, P.R. / Miele, A.E. / Owen, D.J. / McMahon, H.M. / Kent, H.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Gamma-adaptin appendage domain: structure and binding site for Eps15 and gamma-synergin.
著者: Kent, H.M. / McMahon, H.T. / Evans, P.R. / Benmerah, A. / Owen, D.J.
履歴
登録2002年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年10月9日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 1 GAMMA 1 SUBUNIT
B: ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 1 GAMMA 1 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5463
ポリマ－28,5102
非ポリマー351
水3,207178
1
A: ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 1 GAMMA 1 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2912
ポリマ－14,2551
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 1 GAMMA 1 SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2551
ポリマ－14,2551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.155, 62.155, 148.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.134391, 0.511664, 0.84861), (0.965782, 0.124069, -0.227754), (-0.22182, 0.85018, -0.477482)
ベクター: 2.316, -34.029, 28.275)

-
要素

#1: タンパク質 ADAPTER-RELATED PROTEIN COMPLEX 1 GAMMA 1 SUBUNIT / GAMMA-ADAPTIN / GOLGI ADAPTOR HA1/AP1 ADAPTIN GAMMA SUBUNIT / CLATHRIN ASSEMBLY PROTEIN COMPLEX 1 ...GAMMA-ADAPTIN / GOLGI ADAPTOR HA1/AP1 ADAPTIN GAMMA SUBUNIT / CLATHRIN ASSEMBLY PROTEIN COMPLEX 1 GAMMA LARGE CHAIN


分子量: 14255.128 Da / 分子数: 2 / 断片: APPENDAGE DOMAIN, RESIDUES 694-821 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX 4T2 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: P22892
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 24% PEG4000, 100 MM TRIS PH 8.0, 200MM MGCL2, VAPOUR DIFFUSION
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mMHEPES1drop
250 mM1dropNaCl
34 mMdithiothreitol1drop
45 mg/mlprotein1drop
524 %PEG40001reservoir
6100 mMTris1reservoirpH8.0
7200 mM1reservoirMgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54182
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54182 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→23.06 Å / Num. obs: 11979 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 13.62 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.1922
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 13.41 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD-TYPE 1GYU

1gyu


解像度: 2.4→57.74 Å / SU B: 7.025 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.288 / 詳細: NONE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26871 565 4.7 %RANDOM
Rwork0.19034 ---
obs-11374 99.35 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.773 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→57.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 0 1 178 2172
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.404 Å / 最低解像度: 2.467 Å / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.235 / Total num. of bins used: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る