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- PDB-1gyo: Crystal structure of the di-tetraheme cytochrome c3 from Desulfov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gyo
タイトルCrystal structure of the di-tetraheme cytochrome c3 from Desulfovibrio gigas at 1.2 Angstrom resolution
要素CYTOCHROME C3, A DIMERIC CLASS III C-TYPE CYTOCHROME
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME C3 / DI-TETRAHEME / AB INITIO / ELECTRON TRANSFER
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome C3=26 kDa subunit of A dimeric class III C-type cytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Aragao, D. / Frazao, C. / Sieker, L. / Sheldrick, G.M. / Legall, J. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of Dimeric Cytochrome C3 from Desulfovibrio Gigas at 1.2 A Resolution
著者: Aragao, D. / Frazao, C. / Sieker, L. / Sheldrick, G.M. / Legall, J. / Carrondo, M.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1999
タイトル: Ab Initio Structure Solution of a Dimeric Cytochrome C3 from Desulfovibrio Gigas Containing Disulfide Bridges
著者: Frazao, C. / Sieker, L. / Sheldrick, G.M. / Lamzin, V. / Legall, J. / Carrondo, M.A.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1986
タイトル: Preliminary X-Ray Studies of the Tetra-Heme Cytochrome C3 and the Octa-Heme Cytochrome C3 from Desulfovibrio Gigas
著者: Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Legall, J. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2002年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22017年3月29日Group: Structure summary
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年3月29日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C3, A DIMERIC CLASS III C-TYPE CYTOCHROME
B: CYTOCHROME C3, A DIMERIC CLASS III C-TYPE CYTOCHROME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,61412
ポリマ－24,4822
非ポリマー5,13210
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11430 Å2
ΔGint-192.7 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.670, 56.670, 94.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.5378, 0.8381, 0.0914), (0.8282, 0.5049, 0.2434), (0.1578, 0.2066, -0.9656)
ベクター: 27.144, -17.368, 9.687)

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C3, A DIMERIC CLASS III C-TYPE CYTOCHROME / DIMERIC CYTOCHROME C3


分子量: 12240.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO GIGAS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9R638
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化pH: 6.5
詳細: SALTING OUT FROM A PROTEIN SOLUTION IN TRIS/MALEATE PH=6.5, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.1037
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1037 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→26.44 Å / Num. obs: 104411 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.2→1.21 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1.2→26.5 Å / Num. parameters: 21173 / Num. restraintsaints: 50776 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: HEME GROUPS WERE RESTRAINED TO BE SIMILAR BUT WITHOUT TARGET VALUES, DUE TO THEIR INTERNAL SYMMETRY AND FOUR- OR EIGHT-FOLD REDUNDANCY
立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: C-TERMINI RESIDUES ALA107-GLN108- LYS109 ARE MISSING IN EACH MONOMER AS THEY ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS. SOLVENT WATER MOLECULES THAT FOLLOW THE INTER-MONOMERS NCS RELATIONSHIP ...詳細: C-TERMINI RESIDUES ALA107-GLN108- LYS109 ARE MISSING IN EACH MONOMER AS THEY ARE NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS. SOLVENT WATER MOLECULES THAT FOLLOW THE INTER-MONOMERS NCS RELATIONSHIP ARE DIVIDED INTO TWO CHAINS, X FOR THOSE CLOSE TO MONOMER A AND Y FOR THOSE CLOSE TO MONOMER B. OTHER SOLVENT MOLECULES ARE ASSIGNED TO CHAIN Z. THE GLYCEROL MOLECULES IN THE STRUCTURE ARE ARTIFACTS OF THE CRYO- PROTECTANT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1568 3620 3.5 %SHELLS
all0.1312 104729 --
obs0.1303 -98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 19 / Occupancy sum non hydrogen: 2286
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→26.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 356 280 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0292
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.103
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / Rfactor obs: 0.124 / Rfactor Rfree: 0.148 / Rfactor Rwork: 0.124
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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