[日本語] English
万見
- PDB-1gyg: R32 CLOSED FORM OF ALPHA-TOXIN FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS STRAI... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gyg
タイトルR32 CLOSED FORM OF ALPHA-TOXIN FROM CLOSTRIDIUM PERFRINGENS STRAIN CER89L43
要素PHOSPHOLIPASE C
キーワードHYDROLASE / ZINC PHOSPHOLIPASE C / GANGRENE DETERMINANT / C2 DOMAIN / CA AND MEMBRANE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase C activity / phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / hemolysis in another organism / toxin activity / killing of cells of another organism / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / PLAT/LH2 domain ...Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase C / Phospholipase C
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Basak, A.K. / Eaton, J.T. / Titball, R.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of the C. Perfringens Alpha-Toxin with the Active Site Closed by a Flexible Loop Region
著者: Eaton, J.T. / Naylor, C. / Howells, A. / Moss, D. / Titball, R.W. / Basak, A.K.
履歴
登録2002年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE C
B: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4936
ポリマ－85,2322
非ポリマー2624
水4,071226
1
A: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子

A: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子

A: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2409
ポリマ－127,8483
非ポリマー3926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
2
B: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子

B: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子

B: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,2409
ポリマ－127,8483
非ポリマー3926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)151.400, 151.400, 195.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2077-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE C / ALPHA-TOXIN / PHOSPHATIDYLCHOLINE CHOLINEPHOSPHOHYDROLASE / HEMOLYSIN / LECITHINASE


分子量: 42615.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)
株: CER89L43
参照: UniProt: P15310, UniProt: P0C216*PLUS, phospholipase C
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細28 RESIDUES AT START OF SEQUENCE ARE A SIGNAL PEPTIDE NOT PRESENT IN MATURE, ACTIVE FOLDED PROTEIN.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 10 MG/ML PH 7.5, AGAINST 1.7M NACL PH 4.6
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Basak, A., (1998) Acta Crystallogr., D54, 1425.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
19-10 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
31.7 M1reservoirpH4.6NaCl
4sodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH 300 MM / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL OR NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→30 Å / Num. obs: 46736 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.193
反射
*PLUS
Num. obs: 56901 / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 257576

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
CNS3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INCOMPLETE EARLIER CHAIN TRACE OF OTHER CRYSTAL FORM

解像度: 1.9→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.0047 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL RESTRAINED B-FACTORS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: DISORDER IN REGIONS 58-66
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1636 5.4 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 30150 87.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: DENSITY MODIFICATION / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 30 Å / Luzzati sigma a obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6002 0 4 226 6232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.872
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLPARAM19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.IONPARAM19.ION
X-RAY DIFFRACTION4PARAM_ALPHA_SUBMISSION.CDTOP_ALPHA_SUBMISSION.CD
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.98 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 46736 / Num. reflection Rfree: 2468 / Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rfree: 0.233 / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る