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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gxq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the PhoB effector domain | ||||||
![]() | PHOSPHATE REGULON TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN PHOB | ||||||
![]() | TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR / HELIX-WINGED-HELIX / SENSORY TRANSDUCTION / PHOSPHORYLATION / DNA BINDING / ACTIVATOR / TWO-COMPONENT SIGNAL TRANSDUCTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / phosphate ion transport / phosphorelay response regulator activity / regulation of DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blanco, A.G. / Sola, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tandem DNA Recognition by Two-Component Signal Transduction Transcriptional Activator Phob 著者: Blanco, A.G. / Sola, M. / Gomis-Ruth, F.X. / Coll, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 358.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 361 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12358.092 Da / 分子数: 1 断片: DNA-BINDING AND TRANSACTIVATION DOMAIN, UNP RESIDUES 124-229 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2000年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→21.2 Å / Num. obs: 6550 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 71.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 62124 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QQI 解像度: 2→21 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→21 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.285 |