PDB-1gxc: FHA domain from human Chk2 kinase in complex with a synthetic pho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1gxc

タイトル

FHA domain from human Chk2 kinase in complex with a synthetic phosphopeptide

要素

SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE

キーワード

PHOSPHOPROTEIN-BINDING DOMAIN / CHECKPOINT KINASE / TRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of anoikis / mitotic DNA damage checkpoint signaling / cellular response to bisphenol A / regulation of autophagosome assembly / response to glycoside / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / thymocyte apoptotic process / cellular response to stress / regulation of protein catabolic process / negative regulation of DNA damage checkpoint ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Li, J. / Williams, B.L. / Haire, L.F. / Goldberg, M. / Wilker, E. / Durocher, D. / Yaffe, M.B. / Jackson, S.P. / Smerdon, S.J.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Structural and Functional Versatility of the Fha Domain in DNA-Damage Signaling by the Tumor Suppressor Kinase Chk2
著者: Li, J. / Williams, B.L. / Haire, L.F. / Goldberg, M. / Wilker, E. / Durocher, D. / Yaffe, M.B. / Jackson, S.P. / Smerdon, S.J.

履歴

登録	2002年4月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月21日	Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1gxc.cif.gz	115.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1gxc.ent.gz	91 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1gxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1gxc_validation.pdf.gz	409.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1gxc_full_validation.pdf.gz	427.7 KB	表示
XML形式データ	1gxc_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	1gxc_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/1gxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/1gxc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ox8-3 3by8-d 6f1d-d 2hub-d 5vnv-d 1yc7-2 1um1-d 6rt3-d 5lxh-2 4j6q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2

B: SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE

D: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2

E: SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE

G: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2

H: SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE

J: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2

K: SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE

75.6 kDa, 8 ポリマー
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1

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2

B: SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 2 ポリマー
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2

D: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2

E: SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 2 ポリマー
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3

G: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2

H: SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 2 ポリマー
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4

J: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2

K: SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.824, 82.884, 129.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2 / CHK2 / CDS1 分子量: 17436.217 Da / 分子数: 4 断片: PHOSPHOTHREONINE-BINDING DOMAIN (FHA), RESIDUES 64-212 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O96017, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質・ペプチド	SYNTHETIC PHOSPHOPEPTIDE 分子量: 1460.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.71 %

結晶化

pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50

結晶化

*PLUS

温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.2 mM	protein	1	drop
2	20 mM	Tris-HCl	1	drop	pH8.0
3	12 %	PEG20000	1	reservoir
4	0.1 M	MES	1	reservoir	pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 24148 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.38 / % possible all: 87
反射	PLUS 最低解像度: 15 Å / 冗長度*: 3.5 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 9.514 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.555 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	1214	5.1 %	RANDOM
R_work	0.231	-	-	-
obs	0.232	22601	98.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4164	0	0	83	4247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.376	1.935	5770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.283	0.3	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.252	0.3	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.312	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.332	1.5	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.652	2	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.146	3	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.84	4.5	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.315	90
R_work	0.347	1611

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9578	3.2558	4.9094	6.5438	3.1863	7.8426	-0.2268	0.1754	-0.035	0.0007	0.1937	-0.2818	-0.5786	0.3509	0.0331	0.1443	0.0131	-0.0924	0.1825	0.0465	0.2919	93.29	82.396	128.863
2	4.3167	2.7155	-2.9756	5.2344	-2.6549	6.9432	-0.2354	-0.3491	-0.1747	0.1439	0.0369	-0.2749	0.0411	0.1543	0.1986	0.0812	0.0342	0.0066	0.2435	-0.0114	0.2747	73.765	60.581	110.125
3	7.8674	2.7219	0.0931	12.0759	3.6207	7.7825	0.1791	-0.2074	0.6268	0.0927	-0.7122	2.1473	0.2157	-1.5078	0.533	0.3167	-0.0829	0.0986	0.5851	-0.1714	0.8921	60.817	82.244	93.229
4	8.3656	-1.4373	-2.7874	5.3958	0.7393	6.59	-0.4352	0.5587	-1.1428	-0.7734	-0.0682	-0.2752	0.5901	0.0004	0.5034	0.5767	-0.2537	0.2341	0.2624	-0.0749	0.4798	83.656	61.587	77.677
5	18.9657	4.543	-2.4664	13.9547	-0.7247	22.9543	0.203	0.2999	0.0004	0.1225	0.3021	0.2377	0.074	-1.0281	-0.5051	0.138	0.0343	-0.1989	0.3032	-0.1394	0.3798	80.412	76.885	117.878
6	22.8389	9.1372	-6.3948	12.3924	-7.4069	18.1892	-0.9265	0.723	-0.2176	0.0846	0.8811	0.8308	1.6282	-0.8726	0.0454	0.322	-0.0827	0.118	0.353	0.1678	0.3512	60.703	49.39	114.623
7	32.1387	16.5127	12.2777	15.0115	12.6832	40.2593	0.2227	0.1982	1.7264	1.3507	-0.5779	3.1065	1.0789	-2.9026	0.3552	0.4831	0.1698	0.4152	0.6634	-0.4596	1.1514	63.263	94.91	106.112
8	29.2587	-3.2037	-15.574	10.8478	-3.4871	-1.1596	-1.055	1.898	0.0383	-1.2514	0.671	0.7258	-0.1596	-1.0779	0.384	0.465	-0.1361	-0.0616	0.4886	0.116	0.3507	71.165	74.702	79.171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	92 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	92 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	92 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	J	92 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 7
6	X-RAY DIFFRACTION	6	E	0 - 7
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	0 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	8	K	0 - 7

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor obs: 0.245 / R_factor R_free: 0.294 / R_factor R_work: 0.245

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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