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- PDB-1gx3: M. smegmatis arylamine N-acetyl transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gx3
タイトルM. smegmatis arylamine N-acetyl transferase
要素ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / DRUG METABOLISM / MYCOBACTERIA / ISONIAZID / ARYLAMINE N- ACETYLTRANSFERASE / NAT
機能・相同性
機能・相同性情報


arylamine N-acetyltransferase / arylamine N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Arylamine N-acetyltransferase / Cysteine proteinases / Arylamine N-acetyltransferase fold / Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arylamine N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sandy, J. / Mushtaq, A. / Kawamura, A. / Sinclair, J. / Sim, E. / Noble, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The Structure of Arylamine N-Acetyltransferase from Mycobacterium Smegmatis-an Enzyme which Inactivates the Anti-Tubercular Drug, Isoniazid
著者: Sandy, J. / Mushtaq, A. / Kawamura, A. / Sinclair, J. / Sim, E. / Noble, M.
履歴
登録2002年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE
B: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE
C: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE
D: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,2014
ポリマ－125,2014
非ポリマー00
水13,601755
1
A: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3001
ポリマ－31,3001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3001
ポリマ－31,3001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3001
ポリマ－31,3001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3001
ポリマ－31,3001
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.250, 105.828, 141.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.89243, -0.45101, 0.01239), (-0.45085, -0.89249, -0.0138), (0.01729, 0.00673, -0.99983)1.04546, 12.04726, 85.10079
2given(0.97246, 0.22861, -0.04544), (-0.22936, 0.97327, -0.01199), (0.04148, 0.02208, 0.9989)1.45327, 57.86871, 15.79933
3given(0.75659, -0.65323, -0.02929), (-0.65377, -0.75483, -0.05318), (0.01263, 0.05939, -0.99816)4.46386, 71.33519, 101.89999
4given(0.76423, -0.64178, 0.06376), (-0.64373, -0.76511, 0.0145), (0.03948, -0.05213, -0.99786)2.96009, 66.52236, 101.30556
5given(0.96944, 0.2424, 0.03785), (-0.24376, 0.96914, 0.03678), (-0.02776, -0.04488, 0.99861)-2.69115, 56.78486, 17.48737
6given(0.58771, -0.80898, -0.01225), (-0.80593, -0.58402, -0.09689), (0.07123, 0.06681, -0.99522)50.61787, 107.83356, 113.65443

-
要素

#1: タンパク質
ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE / N-HYDROXYARYLAMINE O-ACETYLTRANSFERASE


分子量: 31300.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: (HIS)6 AND 3 RESIDUES INTRODUCED BEFORE AUTHENTIC STARTING METHIONINE AS CLONING ARTEFACTS
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
プラスミド: PET-28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O86309, arylamine N-acetyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細(HIS)6 TAG AND 3 N-TERMINAL RESIDUES ARE CLONING ARTEFACT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.2 M NH4 ACETATE, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5, 30%V/V ISOPROPANOL
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
31 mMEDTA1drop
42 mMdithiothreitol1droppH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器タイプ: QUANTUM ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→84 Å / Num. obs: 163227 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 87.4
反射
*PLUS
最低解像度: 84 Å / % possible obs: 98.1 % / Num. measured all: 624263 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 87.4 % / Num. unique obs: 14137 / Num. measured obs: 34821 / Rmerge(I) obs: 0.568

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E2T

1e2t


解像度: 1.7→30 Å / SU B: 6.557 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.103 / 詳細: NONE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 8187 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 155013 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8508 0 0 755 9263
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.211 / Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.967
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 1.74 Å / Rfactor Rfree: 0.338 / Rfactor Rwork: 0.276 / Num. reflection Rwork: 514 / Total num. of bins used: 20 / Rfactor obs: 0.276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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