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万見
- PDB-1gws: hexadecaheme high molecular weight cytochrome Hmc from Desulfovib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gws
タイトルhexadecaheme high molecular weight cytochrome Hmc from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
要素HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C
キーワードELECTRON TRANSPORT / MULTIHEME CYTOCHROME / SULFATE REDUCING BACTERIA / PERIPLASMIC / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
High-molecular-weight cytochrome c / Class III cytochrome C / Class III cytochrome C family / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / High-molecular-weight cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Czjzek, M. / Haser, R. / Bruschi, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of the Hexadaca-Heme Cytochrome Hmc and a Structural Model of its Complex with Cytochrome C3
著者: Czjzek, M. / Elantak, L. / Zamboni, V. / Morelli, X. / Dolla, A. / Guerlesquin, F. / Bruschi, M.
履歴
登録2002年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02019年9月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site_gen
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,90917
ポリマ－59,0131
非ポリマー9,89616
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)108.386, 108.386, 102.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 HIGH-MOLECULAR-WEIGHT CYTOCHROME C / CYTOCHROME CC3


分子量: 59012.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 12 COVALENTLY LINKED HEMES / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P24092
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.727 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% JEFFAMINE M-600, MES PH 6.5, 50 MM CSCL
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 %Jeffamine M-6001reservoir
250 mMcesium chloride1reservoir
3100 mMMES1reservoirpH6.5
46 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.73891
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.73891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→27 Å / Num. obs: 23044 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 84.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.42 Å / 最低解像度: 27 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.0.36精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→33.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 9.016 / SU ML: 0.215 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ALA A 144, NO DENSITY PRESENT FOR SIDE CHAIN, THE RESIDUE WAS THERFORE MODELED AS ALA ALA A 512, NO DENSITY PRESENT FOR SIDE CHAIN, THE RESIDUE WAS THERFORE MODELED AS ALA
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1281 4.8 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs-25316 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.11 Å2-1.55 Å20 Å2
2---3.11 Å20 Å2
3---4.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3793 0 688 151 4632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0224676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6752.3946534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3223502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.39815744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.40.32532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.220.5382
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1550.521
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6760.510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2491.52510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.25124014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.49332166
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9144.52520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 94
Rwork0.235 1845
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91490.38610.05490.70320.10621.55220.15340.02090.03620.02020.00510.0363-0.02460.1126-0.15850.26650.01410.00050.2868-0.01760.00114.91966.412-3.835
22.7684-0.297-1.0640.8272-0.10730.81070.09260.1049-0.04660.0298-0.06820.0963-0.0296-0.1023-0.02440.24660.02360.02090.27790.0030.0175-21.0969.895-1.936
3-0.091-0.1872-0.03260.9431-0.06250.3821-0.05370.0250.03210.0840.0302-0.07270.02580.04130.02350.24680.0219-0.01050.31660.00830.0488-32.50994.5128.791
41.15240.7502-0.49062.2275-1.12550.6915-0.00270.15280.18570.02140.01120.085-0.0432-0.0399-0.00850.24190.0096-0.04420.33750.03950.0167-31.75121.066-6.083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 114
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 603
3X-RAY DIFFRACTION2A115 - 222
4X-RAY DIFFRACTION2A604 - 607
5X-RAY DIFFRACTION3A260 - 357
6X-RAY DIFFRACTION3A608 - 612
7X-RAY DIFFRACTION4A410 - 512
8X-RAY DIFFRACTION4A613 - 616
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: '5.0.36 18/01/2001' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.42 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.462 Å / Rfactor Rfree: 0.324 / Rfactor Rwork: 0.235 / Num. reflection Rwork: 1845 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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