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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gw6 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF LEUKOTRIENE A4 HYDROLASE D375N MUTANT | ||||||
要素 | LEUKOTRIENE A-4 HYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / MUTAGENESIS STUDIES / ALPHA-BETA PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase / tripeptide aminopeptidase activity / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) ...leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase / tripeptide aminopeptidase activity / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / protein metabolic process / epoxide hydrolase activity / leukotriene biosynthetic process / type I pneumocyte differentiation / peptide catabolic process / response to zinc ion / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / tertiary granule lumen / peptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Rudberg, P.C. / Tholander, F. / Thunnissen, M.M.G.M. / Samuelsson, B. / Haeggstrom, J.Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Leukotriene A4 Hydrolase: Selective Abrogation of Leukotriene B4 Formation by Mutation of Aspartic Acid 375 著者: Rudberg, P.C. / Tholander, F. / Thunnissen, M.M.G.M. / Samuelsson, B. / Haeggstrom, J.Z. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal Structure of Human Leukotriene A4 Hydrolase, a Bifunctional Enzyme in Inflammation 著者: Thunnissen, M.M.G.M. / Nordlund, P.N. / Haeggstrom, J.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1gw6.cif.gz | 145.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1gw6.ent.gz | 111.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1gw6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1gw6_validation.pdf.gz | 453.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1gw6_full_validation.pdf.gz | 458.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1gw6_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1gw6_validation.cif.gz | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/1gw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/1gw6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1hs6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 69231.789 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PT3-MB4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P09960, leukotriene-A4 hydrolase |
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-非ポリマー , 6種, 445分子
#2: 化合物 | ChemComp-BES / |
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#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 化合物 | ChemComp-IMD / |
#5: 化合物 | ChemComp-YB / |
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
構成要素の詳細 | FUNCTION: THE ENZYME POSSESSES PEPTIDASE ACTIVITY AND HYDROLYZES LTA-4 TO PRODUCE LTB-4. ENGINEERED ...FUNCTION: THE ENZYME POSSESSES PEPTIDASE ACTIVITY AND HYDROLYZES |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 詳細: PEG8000, IMIDAZOLE, SODIUM ACETATE, YTTERBIUM CHLORIDE, BESTATIN, pH 6.80 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: liquid-liquid diffusion | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.991 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月15日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.991 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→43 Å / Num. obs: 29456 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 9.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 95.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 43 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HS6 解像度: 2.2→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1987107.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.3097 Å2 / ksol: 0.391172 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.2204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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